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À seulement 20 ans, il honore sa première sélection avec l'équipe d'Écosse lors du Tournoi des 6 nations 2012 face à la France, match où il inscrit également ses premiers points en transformant un essai de Lee Jones.
Lors du Tournoi des Six Nations 2013, il participe grandement à la troisième place de sa sélection, devenant titulaire du poste d'ouvreur dès le deuxième match face au pays de Galles. L'année suivante, il se distingue lors de la rencontre face à l'Italie, grâce à un drop à la dernière minute, il permet à son équipe de remporter sa seule victoire du Tournoi 2014, (20-21) au Stade olympique de Rome[2].
En 2023-2024, les Glasgow Warriors se qualifient en finale du championnat après avoir éliminé le Munster en demi-finale[3]. En finale contre les Bulls, Duncan Weir est sur le banc des remplaçants et son équipe s'impose 21 à 16, remportant la compétition pour la deuxième fois de son histoire après 2015[4],[5].