Dirk Aernouts est coureur professionnel de 2000 à 2001 au sein de l'équipe Collstrop[1].
Avec son épouse Nana Steenssens, également cycliste, il crée après sa carrière, en 2004, l'entreprise de transport routier Aernouts Logistics Support, spécialisée dans le transport de vélo[2].