En revanche, Napoléon a eu un certain nombre d'enfants « illégitimes » nés de ses liaisons extra-conjugales. Par définition, ils ne sont pas considérés comme faisant partie de la famille Bonaparte, la succession impériale étant reprise par les neveux de l'empereur, d'abord par Napoléon III puis par le prince Napoléon. Napoléon a également eu trois enfants adoptés : Eugène et Hortense de Beauharnais (adoptés le 8 mars 1796), et Stéphanie (adoptée le 4 mars 1806)[2].
Les descendants de Napoléon sont donc en grande partie issus de la descendance naturelle et adoptive, et non légitime.
Napoléon François Joseph Charles Bonaparte (20 mars 1811-22 juillet 1832), roi de Rome, duc de Reichstadt, connu également sous le nom de Napoléon II, bien qu’il n’ait jamais régné qu’en théorie et ce pendant quinze jours, entre la deuxième abdication de Napoléon et la Seconde Restauration. Prince impérial, il est titré roi de Rome à sa naissance, celui-ci est un empereur de jure éphémère en 1815. Il finit sa vie en Autriche avec le titre de duc de Reichstadt ; il y meurt, à 21 ans, sans alliance ni enfants, entraînant l'extinction totale de la branche aînée. En 1832, la branche de Joseph Bonaparte, frère de Napoléon, lui succède.
Napoléon Bonaparte épouse en premières noces le à Paris, Joséphine de Beauharnais qui devient impératrice à l'avènement de son mari. Déjà mère de deux enfants, Joséphine ne parvient pas à donner un héritier à l'empereur. Le mariage de Napoléon et de Joséphine demeure stérile, cause de leur divorce le . Néanmoins, il s'occupe des enfants de cette dernière qu'il adopte dès leur mariage. Lors de l'avènement de l'Empire, ils reçoivent la qualification d'Altesse impériale :
Eugène de Beauharnais (1781-1824), que Napoléon nomme général de brigade. Ce dernier lui fait confiance et n'hésite pas à s'appuyer sur lui dont la devise est « Honneur et Fidélité »[4]. Après la campagne de 1805, Eugène épouse[5] la princesse Augusta-Amélie de Bavière, et Napoléon l'investit du titre de « prince de Venise » en le faisant l'héritier présomptif de la couronne d'Italie.
Le , Napoléon adopte une nièce de Joséphine et cousine d'Eugène et Hortense. Cette dernière est adoptée par Napoléon et Joséphine[6] :
Stéphanie de Beauharnais (1789-1860), qui est ramenée de Saint-Germain aux Tuileries, et est accueillie avec affection par l'empereur, qui la traite comme sa propre fille[2]. Surtout, elle reçoit préséance sur toutes les autres princesses françaises, y compris sur Hortense et Augusta-Amélie, respectivement fille et belle-fille de l'impératrice. Stéphanie épouse, comme prévu, le à Paris, le grand-duc héritier Charles de Bade durant une cérémonie pour laquelle Napoléon déploie tous les fastes de l'Empire[7].
Charles Léon (1806-1881), dont l'empereur lui choisit ce nom, « Léon », pour ne pas l'appeler clairement « Napoléon ». Il fut bientôt appelé le « comte Léon »[8].
C'est ainsi que Napoléon se décida à répudier son épouse pour fonder une dynastie quelques années plus tard. Par la suite, l'empereur donne naissance à un autre fils naturel avec la comtesse Walewska :
Lors d’une escale à Lyon, Napoléon aurait eu une aventure avec une certaine Françoise-Marie-Émilie Le Roy, (elle-même fille d’Amable Le Roy, maître imprimeur de Lyon, et de Marie-Angélique Chevrillon), qui donne naissance à une fille :
Émilie Pellapra (1806-1871), qui fut, par ses unions successives, comtesse de Brigode, puis princesse de Chimay.
↑Alfred Franklin, Des noms et des dates : les rois et les gouvernements de la France de Hugue Capet à l'année 1906, Paris, H. Welter, , 2e éd., 157 p. (lire en ligne), p. 119.