Les dossiers de candidatures devaient être déposés au siège de la FIFA avant le à minuit[1]. À cette date, huit pays avaient déposé leur dossier de candidature : l'Angleterre (dossier déposé le 6 novembre), l'Égypte (8 novembre), le Brésil et le Ghana (tous les deux déposés le 11 novembre), l'Allemagne (26 novembre), le Maroc (2 décembre), l'Afrique du Sud (14 décembre), et du Nigeria (24 décembre)[1]. Le Mexique qui déposa son dossier avec 20 jours de retard ne fut pas retenu[1].
Les candidats avaient ensuite jusqu'au pour confirmer leur candidature après avoir reçu le cahier des charges[1]. Trois pays africains se retirèrent : l'Égypte qui avait signé un accord de coopération avec l'Afrique du Sud, le Ghana puis le Nigeria à la suite des vœux du président de la CAF, Issa Hayatou de ne pas multiplier les candidatures africaines afin de ne pas diviser ses chances[1].
Procédure du vote
Règlement
Le pays choisi comme organisateur doit recueillir la majorité absolue des voix des vingt-quatre membres du comité exécutif de la FIFA. Le vote se déroule à bulletin secret[2]. À chaque tour, le pays candidat ayant reçu le moins de voix est éliminé. Cette procédure de vote est utilisée jusqu'à ce qu'un candidat obtienne la majorité absolue des voix. Si, lors d'un tour, deux ou davantage de candidats obtiennent le plus petit nombre de voix, un vote séparé est organisé afin d'éliminer l'un d'entre eux. Si les deux derniers candidats encore en lice obtiennent le même nombre de voix lors du dernier tour, celle du président de la FIFA, en l'occurrence Sepp Blatter sera prépondérante[3].
Les votants
Le pays organisateur est désigné par le comité exécutif de la FIFA qui est composé de 24 membres[4]. Les votants sont :
Le Brésil se retire trois jours avant le vote[5]. Pour la première fois, il fallut plus d'un tour de scrutin pour désigner le pays hôte. Le Maroc et l'Angleterre sont éliminés lors du premier et du deuxième tour respectivement[6]. L'Allemagne, qui termina première à chaque tour, fut choisie aux dépens de l'Afrique du Sud au troisième tour de scrutin par douze voix contre onze et une abstention.
La polémique liée à la nomination de l'Allemagne comme nation hôte résulta d'un changement de pratique dans la désignation du pays organisateur de la Coupe du monde. Au troisième et dernier tour, l'Allemagne l'emporta sur l'Afrique du Sud avec douze voix contre onze alors que les Sud-Africains étaient favoris. Charles Dempsey, membre néo-zélandais du Comité Exécutif de la FIFA qui avait jusque-là donné son vote à l'Afrique du Sud (selon les instructions de la Confédération du football d'Océanie) s'est abstenu lors de ce dernier tour. S'il avait alors voté pour l'Afrique du Sud, les deux derniers pays se seraient retrouvés avec douze voix chacun. Dans ce cas la désignation revenait au président de la FIFA, et l'on sait que Sepp Blatter était favorable à la candidature africaine[7].
Tout comme huit autres membres du Comité, Dempsey avait reçu un fax la veille du vote lui promettant une montre et du jambon allemand. Le magazine allemand Titanic s'était par la suite dénoncé comme auteur de cette mauvaise blague[8].
À la suite de cet incident, la FIFA décida que l'organisation de la compétition serait rotative entre les continents jusqu'en 2014. Ainsi en 2010 l'organisation sera attribuée à un pays africain.
Scandale
En juin 2015, l'hebdomadaire allemand Die Zeit révèle que l'Allemagne aurait acheté l'organisation du Mondial 2006 grâce à une série d'investissements en Asie visant à obtenir le soutien des responsables de la Fifa de ce continent. Le groupe pharmaceutique Bayer et le fabricant automobile Volkswagen auraient investi en Thaïlande et en Corée du Sud. Daimler aurait injecté de l'argent dans Hyundai car le fils du fondateur du constructeur automobile coréen siége au conseil d'administration de la Fifa. Et le gouvernement de Gerhard Schröder a acquis le vote de l'Arabie Saoudite en échange de lance-roquettes[9],[10].
Le Brésil a fait acte de candidature en juillet 1998 obtenant dès le mois de juin le soutien de la fédération sud-américaine de football au détriment de l'Argentine qui songeait à se présenter. Le comité d'organisation est présidé par l'ancien footballeur Zico et est dirigé par Osvaldo Arruda. Elle est également soutenu par l'ancien président de la FIFA João Havelange[11].