Il est vicaire de l'église Sainte-Catherine de Saint-Pétersbourg en 1903 et en devient le curé à partir de 1908, et en plus vicaire-général de MgrJan Cieplak[2] à partir de 1918. Lorsque la répression s'intensifie, il commence à instruire en secret les séminaristes en 1922.
Il est arrêté le 13 mars 1923, lors d'une grande vague d'arrestations de prêtres et de fidèles catholiques. La Guépéou craignait que les catholiques ne s'allient avec le patriarche Tikhon de Moscou. Le procès mené par Nikolaï Krylenko frappe ce dernier, Mgr Cieplak et l'archevêque uniate, MgrFeodorov. Mgr Budkiewicz est en outre accusé d'avoir aidé Eduard von der Ropp à mettre sur pied un mouvement démocrate-chrétien.
Il est condamné à mort et fusillé quelques jours plus tard dans la nuit de Pâques, le 31 mars 1923, dans un escalier de la Loubianka.