Les Templiers s'installent en 1211 à Fay, lieu-dit de Dammartin qui devient plus tard Grange-de-Fer. Ils érigent là l'une des 9 commanderies templières de Franche-Comté. Fay dépend de la maison templière de Besançon et est rattachée la Province de Bourgogne ; elle possède une chapelle dédiée à Notre-Dame, une grange, une tour abritant un four et un colombier.
À la suite de la dévolution des biens de l'ordre en 1307, elle est occupée par les Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem avant d'être abandonnée antérieurement à 1373, date à laquelle elle est citée comme inhabitée et en partie détruite. Cependant, la grange subsiste et est encore habitée à la fin du XIXe siècle.
L'église du village, reconstruite à partir de 1742, possède une vierge en bois peint, appelée à tort Vierge des Templiers, classée depuis 1908, car datant vraisemblablement du XVIe siècle ou XVIIe siècle.
la maison de Jannez (membre, localisation inconnue).
Léopold Niepce qui publie un ouvrage sur le grand prieuré d'Auvergne quelques décennies plus tard mentionne un rattachement à la commanderie d'Arbois dont les membres étaient[3]:
Saint-Jean de Bouse, toponyme disparu qui se trouvait à environ un kilomètre de Sainte-Agnès (Jura).
César Lavirotte, Congrès archéologique de France, séances générales tenues à Dijon en 1852 : Mémoire statistique sur les établissements des Templiers et des Hospitaliers de Saint-jean de Jérusalem en Bourgogne, XIXe session, , 398 p. (lire en ligne), p. 280-282
Eugène Mannier, Ordre de Malte : Les commanderies du grand-prieuré de France d'après les documents inédits conservés aux Archives nationales à Paris, Aubry & Dumoulin, , 808 p. (lire en ligne)
Léopold Niepce, Le Grand-Prieuré d'Auvergne - Ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, Lyon, Librairie Générale Henri Geors, Bâle - Genève,
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