Dès leur arrivée en Nouvelle-France, les Jésuites songèrent à la fondation d’un collège. La prise de Québec par les Kirke retarda la réalisation de ce projet. Les pères jésuites ouvrirent une petite école en 1634 (au temps de Champlain) et lui ajoutèrent une classe de latin l’année suivante : le Collège des Jésuites de Québec était fondé.
C’était le premier collège en Amérique du Nord et pendant près d’un siècle et demi il sera connu officiellement sous le nom de « Le Collège des Jésuites de Québec ». Un édifice en bois fut d’abord construit, à l’emplacement actuel de l’Hôtel de ville. Il fut remplacé, en 1648, par un édifice en pierres et agrandi en 1740. Après la conquête, le gouvernement britannique s’empara des biens des Jésuites, y compris le collège. Après la conquête de 1760, Ce dernier fut fermée et transformée en caserne pour les armes et les soldats britanniques jusqu'en 1871, lorsque les derniers soldats anglais partirent pour l’Angleterre. Sans entretien; le bâtiment devint inutilisable et fut démoli.
Après la suppression de la Compagnie de Jésus (1774), par plusieurs pays d'Europe et sa dissolution par le pape Clément XIV, il fut utilisé pendant cent ans comme caserne, dépôt d’archives et refuge. Les Jésuite furent réhabilités en 1814 et revinrent au Canada en 1842. Il rouvrit en 1871[1] mais fut démoli en 1878, après cent trente ans d’existence.
Vue de l'Église et du Collège des Jésuites, 1761
Ancien Collège des Jésuites, 1870
Rétabli en 1930 sous la forme d’un externat classique affilié à l’Université Laval, le nouveau collège devait reprendre le rôle et le nom de son prédécesseur. Les classes se firent d’abord dans l’ancien presbytère de la paroisse de Notre-Dame du Chemin. Le Père Olivier Beaulieu fut nommé recteur le . Cinq ans plus tard, le collège comptait déjà 260 élèves. Mais la paroisse ayant été remise à l’archevêché, et le terrain vendu, les Pères firent construire l’immeuble actuel dans la paroisse des Pères du Saint-Sacrement, rue Saint-Cyrille, aujourd'hui le boulevard René-Lévesque.
L’inauguration du nouveau « Collège des Jésuites » eut lieu le et saint Charles Garnier fut choisi pour en être le patron. L’inscription au fronton du collège - LE COLLÈGE DES JÉSUITES SAINT CHARLES GARNIER - manifeste l’intention des nouveaux fondateurs. Ils voulurent, en reprenant la charte de l’ancien collège et relevant son nom historique, exprimer la continuité du projet pédagogique et honorer les saints Martyrs Canadiens et tous les Jésuites, pionniers de la Nouvelle-France, qui un jour ou l’autre, avaient œuvré dans l’ancien Collège.
Puis les années passèrent. En raison de la diminution des vocations religieuses, la Compagnie de Jésus offrit à ses collaborateurs immédiats de prendre la relève.
C’est ainsi qu’en une nouvelle corporation vit le jour. Constituée de membres du personnel, de parents, d’un ancien, d’un père jésuite et du directeur général, elle portera le nom de Le Collège Saint-Charles-Garnier afin de perpétuer l’œuvre des prédécesseurs. Cette nouvelle équipe, travaillant dans la ligne de continuité pédagogique des Jésuites, prit en mains les destinées du collège le .
Finalement, c’est le que la Corporation « Le Collège Saint-Charles-Garnier » est officiellement devenue propriétaire du Collège des Jésuites. La corporation s’est alors engagée à « utiliser la totalité de l’immeuble et autres biens vendus exclusivement aux fins de la poursuite de l’œuvre d’instruction et d’éducation du Collège Saint-Charles-Garnier, dans un esprit de qualité et de rigueur, selon la tradition jésuite et dans le contexte d’une institution privée catholique. ».