Il court successivement pour les équipes de cyclisme sur route RMO (1989 - 1992), Motorola (1993), Chazal (1994/1995) puis dans les équipes de VTT, MBK (France) en 1996 et 1997, le Team international American Eagle (1998/1999) et l'équipe suisse Cilo (2000/2001).
Il continue ensuite les compétitions cyclistes, en VTT. Il gagne le Roc d'Azur et la Coupe de France de cross-country en 1996 ainsi que le Grand Raid Cristalp en 2000 et 2001 (il parcourt les 131 km en 6 heures et 18 minutes).
Au terme de sa carrière sportive, Christophe Manin est directeur sportif du Chambéry CF de 2002 à 2006. En 2008, il obtient le concours du professorat de sport.