Charles Lee est né dans le comté du Cheshire en Angleterre, fils de John et d'Elysabeth et fit ses études en Suisse. Nommé Lieutenant en 1751, il fut envoyé en Amérique en 1754 pour servir lors de la guerre de la Conquête. Au cours de son séjour, il épousa la fille d'un chef Mohawks. Devenu capitaine en 1756, il fut blessé lors de la bataille de Fort Carillon en 1758. Il participa ensuite à la bataille de Fort Niagara en 1759 et à la prise de Montréal en 1760.
Charles Lee retourna alors en Europe et servit comme Lieutenant-colonel dans l'armée portugaise lors de la guerre contre l'Espagne en 1762. En 1765, il combat aux côtés de Stanislas II de Pologne en qualité d'aide de camp. En 1773, il fait l'acquisition d'une plantation dans l'actuelle Virginie-Occidentale et repart s'installer définitivement en Amérique.
Lors de la bataille de Monmouth, le , il ordonna la retraite de ses troupes alors que Washington lui avait ordonné d'attaquer. Cela lui valut d'être traduit en cour martiale qui le releva de ses fonctions de commandant pour un an. Courroucé, il calomnia Washington. John Laurens, après incitation d'Alexander Hamilton, provoqua en duel le général Charles Lee, pour laver l'honneur de Washington, même si ce dernier avait interdit toutes représailles. Le duel se déroula sous les murs de Philadelphie le . Lee fut blessé au flanc par le premier tir de Laurens et l'affaire se termina grâce à l'intervention des seconds des deux hommes : Alexander Hamilton et Evan Edwards, avant qu'ils ne puissent tirer une deuxième fois.
Lee a été libéré de son service militaire le , et il se retira à Philadelphie où il décéda de la fièvre en 1782.
Postérité
Plusieurs villes ou lieux des États-Unis ont été baptisés en son honneur, mais également le Fort Lee.
Lee apparaît dans le jeu vidéoAssassin's Creed III en tant que commandant-en-second du Rite Coloniale de l'Ordre des Templiers. Après la mort du Grand Maître Haytham Kenway, Charles Lee devient Grand Maître du Rite Colonial mais meurt peu de temps après, assassiné par le fils de Haytham, Connor.
(en) Phillip Papas, Renegade Revolutionary : The Life of General Charles Lee, New York, New York University Press, , 410 p. (ISBN978-0-8147-6765-8, lire en ligne).