Il est le premier professeur dans le jardin botanique royal de Madrid(Real Jardín Botanico de Madrid). Sous Charles III (1716-1788), Gómez de Ortega dirige la création de ces jardins pour permettre la réception et l’étude, en particulier, des spécimens envoyés par les expéditions scientifiques espagnoles. Gómez de Ortega décrit des genres et des espèces nouveaux et s’intéresse à la botanique économique.