Le BfN conseille le ministre de l'Environnement sur toute question relative à la protection de l'environnement sur le plan national ou international, encourage des projets et suit des programmes de recherches liés, et est l'autorité administrative pour l'importation ou l'exportation d'espèces animales ou végétales. Il est chargé de publier la liste rouge de l'UICN et est chargé de mission concernant la protection des espèces menacées, la protection du milieu marin, le traité sur l'Antarctique, et l'ingénierie génétique.
Il suit particulièrement les accords ou projets internationaux de sa compétence :
Le BfN est un des trois organismes chargés de l'environnement dépendant du ministre fédéral de l'Environnement, les deux autres étant : l'office fédéral de l'Environnement (Umweltbundesamt) et l'office fédéral de la radioprotection (Bundesamt für Strahlenschutz).
