Harris joue 130 et 123 matchs avec les Twins au cours des saisons 2008 et 2009, respectivement, cette fois partageant son temps entre les positions d'arrêt-court et de joueur de troisième but[2]. Il frappe pour ,265 avec 7 circuits et 49 points produits à sa première année au Minnesota. En 2009, il maintient une moyenne de ,261 avec 6 circuits et 37 points produits. Il joue en Séries de divisions entre les Twins et les Yankees de New York. C'est sa première participation aux séries éliminatoires et, en trois parties, il obtient trois coups sûrs dont un triple et produit un point. Il ne joue que 43 parties de l'équipe du Minnesota en 2010.
