Cette voie était initialement une section du boulevard Félix-Faure, également appelé « chemin de grande communication no 31 », situé autrefois sur le territoire d'Aubervilliers et annexé à Paris par décret du . Il a pris sa dénomination actuelle en 1932.
En 1967, l'assiette du boulevard de la Commanderie est réduite lors de la création du boulevard périphérique.