BioRxiv

Adresse	biorxiv.org
Langue	Anglais
Propriétaire	Cold Spring Harbor Laboratory
Lancement	Novembre 2013[1],[2]
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bioRxiv (prononciation : « bio-archive^[3] ») est une archive de dépôt de préprints consacrée aux sciences biologiques, cofondée par John Inglis et Richard Sever en novembre 2013^[4],[5]. Elle est hébergée par le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)^[6].

En tant que préprints, les documents hébergés sur bioRxiv n'ont pas toujours été revus par des pairs, mais leur nature de publication scientifique a été vérifiée ainsi que l'absence de plagiat. Les lecteurs peuvent commenter les documents archivés. Elle a été inspirée par le service fourni dans les domaines de la physique et des mathématiques par ArXiv, lancé en 1991 par Paul Ginsparg (également membre du conseil de bioRxiv^[7]). BioRxiv a reçu en avril 2017 le soutien financier de l'Initiative Chan Zuckerberg^[8],[9],[10].

Histoire

Avant la mise en place de bioRxiv, les biologistes étaient divisés sur l'opportunité de la mise en place d'une archive de preprints dédiée. Certains craignaient de se voir « doublés » par leurs compétiteurs et de perdre l'antécédence de leur découverte.

Cependant, certains généticiens avaient déjà pris l'habitude de déposer des manuscrits dans la section « biologie quantitative » de arXiv (lancée en 2003) et n'avaient plus ces préoccupations, puisqu'au contraire ils constataient que les préprints, chronoréférencés, pouvaient appuyer leurs allégations de découverte^[11].

En conséquence de la popularité croissante de bioRxiv, plusieurs revues de biologie ont mis à jour leurs politiques sur des preprints, indiquant qu'ils ne les considèrent plus comme une publication dupliquée comme c'était parfois le cas depuis les années 1960^[12].

L'usage des préprints en biologie est activement promu par le mouvement ASAPBio auprès de tous les maillons de la chaine : institutions, agences de financement et d'évaluation, revues scientifiques, auteurs, etc.

Taux de dépôt

Selon Jocelyn Kaiser, du magazine Science, dans sa première année, l'archive a « attiré un flux modeste mais croissant de documents », avec 824 préprints^[13].

En février 2016, le taux de dépôt à bioRxiv a augmenté de façon constante à partir de ~60 ~200 par mois, avec un total de 3100 documents reçus. Au 21 avril 2017, plus de 10 000 articles avaient été acceptés au total^[14].

En 2017, le nombre mensuel de dépôts a dépassé 810 en mars^[15] et 1 000 en juillet. En mars 2018, ce chiffre a frôlé les 1 500^[16]. En décembre 2019, 2 637 preprints ont été déposés dans bioRxiv^[17].

COVID-19

Début 2020, bioRxiv a joué un rôle important dans la diffusion rapide de la connaissance concernant la pandémie de COVID-19 causée par le coronavirus SARS-CoV-2, en rassemblant sur une même plate-forme dédiée^[18] les preprints déposés dans les archives bioRxiv et medRxiv (mais pas ceux d'autres archives telles que ArXiv). Le premier preprint^[19] a été déposé dans bioRxiv le 19 janvier 2020, moins de trois semaines après la déclaration officielle^[20] des premiers cas par la préfecture de Wuhan, en Chine; le 31 mars, le 1000e preprint concernant la COVID-19 via medRxiv apparaissait sur cette plate-forme^[21].

Malgré ce rôle important pour diffuser des informations rapidement auprès de spécialistes à même de porter un regard expert sur les contenus, les preprints n'étant pas validés par les pairs, des voix se sont élevées concernant la fiabilité des informations postées de cette façon^[22].

Disciplines scientifiques

bioRxiv accepte les préprints dans les disciplines suivantes, couvrant toutes les sciences de la vie :

• Comportement animal et intelligence animale
• Biochimie
• Génie biologique
• Bioinformatique
• Biophysique
• Cancérologie
• Biologie cellulaire
• Essais cliniques
• Biologie du développement
• Écologie
• Epidémiologie
• Biologie évolutive
• Génétique
• Génomique
• Immunologie
• Microbiologie
• Biologie moléculaire
• Neurosciences
• Paléontologie
• Pathologie
• Pharmacologie et toxicologie
• Physiologie
• Biologie végétale
• Communication scientifique et éducation scientifique
• Biologie de synthèse
• Biologie des systèmes
• Zoologie

Lien de bioRxiv vers les revues

Le lien de bioRxiv vers les revues (bioRxiv to Journals, B2J) permet aux auteurs de soumettre leur manuscrit directement à une revue scientifique à partir de bioRxiv. Les revues qui participent actuellement à B2J sont :

• Acta Crystallographica Section D
• American Journal of Human Genetics
• Antimicrobial Agents and Chemotherapy
• Applied and Environmental Microbiology
• Biochemical Journal
• Biology Open
• Biophysical Journal
• Bioscience Reports
• BMC Biology
• BMJ Open Science
• Brain Topography
• Bulletin of Mathematical Biology
• Cell Reports
• Clinical and Vaccine Immunology
• Clinical Science
• Development
• Disease Models and Mechanisms
• Drug Metabolism and Disposition
• eLife
• The EMBO Journal
• EMBO Molecular Medicine
• EMBO Reports
• Endocrinology
• eNeuro
• Environmental Health Perspectives
• Experimental Brain Research
• Experimental Physiology
• F1000Research
• FASEB BioAdvances
• The FASEB Journal
• G3: Genes, Genomes, Genetics
• Genetics
• Genome Biology
• Genome Research
• GigaScience
• Genome Biology
• Hormones and Cancer
• Infection and Immunity
• Invertebrate Neuroscience
• JCI Insight
• Journal of Bacteriology
• Journal of Biological Chemistry
• Journal of Cell Biology
• Journal of Cell Science
• Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism
• Journal of Clinical Investigation
• Journal of Clinical Microbiology
• Journal of the Endocrine Society
• Journal of Experimental Biology
• Journal of Experimental Botany
• The Journal of Experimental Medicine
• The Journal of General Physiology
• Journal of General Virology
• The Journal of Immunology
• Journal of Lipid Research
• Journal of Mammary Gland Biology and Neoplasia
• Journal of Medical Microbiology
• Journal of Molecular Evolution
• Journal of Neurophysiology
• The Journal of Neuroscience
• Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics
• The Journal of Physiology
• Journal of Virology
• Learning & Memory
• Life Science Alliance
• mBio
• Medicinal Chemistry Research
• Microbial Genomics
• Microbiology
• Microbiology Resource Announcements
• Molecular and Cellular Biology
• Molecular and Cellular Proteomics
• Molecular Biology of the Cell
• Molecular Pharmacology
• Molecular Systems Biology
• Molecular Vision
• mSphere
• mSystems
• Neuronal Signaling
• Oecologia
• PeerJ
• Pharmaceutical Research
• Photosynthesis Research
• The Plant Cell
• Plant Cell, Tissue and Organ Culture
• Plant Direct
• Plant Molecular Biology
• Plant Physiology
• PLOS Computational Biology
• PLOS Genetics
• PLOS Medicine
• PLOS Neglected Tropical Diseases
• PLOS One
• PLOS Pathogens
• PNAS
• RNA (en)
• Science
• Science Advances
• Science Immunology
• Science Signaling
• Science Translational Medicine
• Theoretical Applied Genetics

Références

1. (en) Laura L Kiessling, Laura E Fernandez, A Paul Alivisatos et Paul S Weiss, « ChemRXiv: A Chemistry Preprint Server. », ACS Chemical Biology, ACS, vol. 11, n^o 11,‎ 1^er novembre 2016, p. 2937 (ISSN 1554-8929 et 1554-8937, PMID 27933802, DOI 10.1021/ACSCHEMBIO.6B00974).
2. WorldCat (site web), consulté le 4 janvier 2020.
3. « Advancing the sharing of research results for the life sciences », bioRxiv (consulté le 17 mars 2018).
4. Ewen Callaway, « Preprints come to life », Nature, vol. 503, n^o 7475,‎ 12 novembre 2013, p. 180 (DOI 10.1038/503180a, Bibcode 2013Natur.503..180C)
5. Cold Spring Harbor Laboratory, « bioRxiv preprints can now be submitted directly to leading research journals », sur Phys.org (consulté le 17 mars 2018).
6. « About bioRxiv », bioRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory (consulté le 7 septembre 2016).
7. (en) « Advancing the sharing of research results for the life sciences », sur www.biorxiv.org (consulté le 19 juillet 2018).
8. « Cori Bargmann », sur www.facebook.com, 26 avril 2017 (consulté le 19 juillet 2018).
9. (en) Ewen Callaway, « BioRxiv preprint server gets cash boost from Chan Zuckerberg Initiative », Nature, vol. 545, n^o 7652,‎ 26 avril 2017, p. 18–18 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/nature.2017.21894, lire en ligne, consulté le 19 juillet 2018)
10. Jocelyn Kaiser, « BioRxiv preprint server gets funding from Chan Zuckerberg Initiative », Science,‎ 26 avril 2017 (DOI 10.1126/science.aal1117)
11. Ewen Callaway, « Geneticists eye the potential of arXiv », Nature, vol. 488, n^o 7409,‎ 31 juillet 2012, p. 19 (PMID 22859182, DOI 10.1038/488019a, Bibcode 2012Natur.488...19C)
12. (en) Matthew Cobb, « The prehistory of biology preprints: A forgotten experiment from the 1960s », PLOS Biology, vol. 15, n^o 11,‎ 16 novembre 2017, e2003995 (ISSN 1545-7885, PMID 29145518, PMCID PMC5690419, DOI 10.1371/journal.pbio.2003995, lire en ligne, consulté le 19 juillet 2018)
13. Jocelyn Kaiser, « BioRxiv at 1 year: A promising start », Science, 11 novembre 2014 (consulté le 7 septembre 2016).
14. « Search Results | bioRxiv », sur biorxiv.org (consulté le 16 février 2017).
15. « John Inglis on Twitter », Twitter,‎ 1^er mars 2017 (lire en ligne, consulté le 19 juillet 2018)
16. « Richard Sever on Twitter », Twitter,‎ 1^er avril 2018 (lire en ligne, consulté le 19 juillet 2018)
17. (en) « 2,637 Results for posted between "01 Dec, 2019 and 31 Dec, 2019" », sur bioRxiv (consulté le 3 avril 2020).
18. (en) « COVID-19 SARS-CoV-2 preprints from medRxiv and bioRxiv », sur bioRxiv (consulté le 3 avril 2020).
19. (en) Tianmu Chen, Jia Rui, Qiupeng Wang et Zeyu Zhao, « A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus », bioRxiv, Systems Biology,‎ 19 janvier 2020 (DOI 10.1101/2020.01.19.911669, lire en ligne, consulté le 3 avril 2020)
20. (zh) « Notice d'information de la Commission municipale de la santé de Wuhan sur la situation actuelle de l'épidémie de pneumonie dans notre ville [en chinois] »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, sur wjw.wuhan.gov.cn, 31 décembre 2019 (consulté le 28 janvier 2020).
21. (en) Armin Ensser et Klaus Ueberla, « Determination of daily reproduction numbers of SARS-CoV2 based on death cases suggests more rapid initial spread in Italy and the United States », medRxiv,‎ 31 mars 2020 (DOI 10.1101/2020.03.28.20046094, lire en ligne, consulté le 3 avril 2020)
22. « Le Covid-19 engendre une multiplication des publications scientifiques », Le Monde.fr,‎ 17 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 3 avril 2020)

Annexes

Bibliographie

• Jaclyn Jansen, « CSHL launches bioRxiv, a freely accessible, citable preprint server for biology », Cold Spring Harbor Laboratory, 12 novembre 2013 (consulté le 11 septembre 2016)
• Jocelyn Kaiser, « New Preprint Server Aims to Be Biologists' Answer to Physicists' arXiv », 12 novembre 2013 (consulté le 30 octobre 2016)
• « BioRxiv preprint server launched »^{(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)}, UC Berkeley Library News, sur UC Berkeley Library News, 15 novembre 2013 (consulté le 11 septembre 2016)
• Ewen Callaway et Kendall Powell, « Biologists urged to hug a preprint », Nature, vol. 530, n^o 7590,‎ 16 février 2016, p. 265–265 (DOI 10.1038/530265a, Bibcode 2016Natur.530..265C)
• John Inglis, « The bioRxiv preprint service », COASP 2016, sur COASP 2016, 22 septembre 2016
• (en) Richard J. Abdill et Ran Blekhman, « Rxivist.org: Sorting biology preprints using social media and readership metrics », PLOS Biology, vol. 17, n^o 5,‎ 21 mai 2019, e3000269 (ISSN 1545-7885, PMID 31112533, PMCID PMC6546241, DOI 10.1371/journal.pbio.3000269, lire en ligne, consulté le 9 novembre 2020)

Liens externes

• Site officiel de bioRxiv
• ArXiv
• ASAPBio
• PeerJ Preprints