Il épouse en premières noces Isabelle d'Albret (v. 1275, † ), fille de Bernard Ezi IV, sire d'Albret et Jeanne de Lusignan. Grâce à ce mariage, Bernard VI porte le titre de sire d'Albret entre les années 1280 et 1294.
Le , il se remarie avec Cécile de Rodez (1278 † après ), fille héritière d'Henri II, comte de Rodez, et de sa deuxième épouse, Mascarone de Comminges.
Bernard VI sert loyalement les rois de France au cours de leurs guerres. En 1302, il se bat en Italie sous les ordres de Charles de Valois. Par la suite, il participe à toutes les campagnes menées en Flandre par Philippe le Bel, puis son fils Louis X (en 1303, 1304, 1313 et 1315). Il sert alors à la tête de détachements importants de l'armée royale. Il contribue notamment à la victoire de Mons-en-Puelle en date du , avec quatre cents hommes d'armes et mille sergents à pied. Sa valeur et sa fidélité sont telles qu'il est appelé à faire partie du conseil 'étroit', créé en 1316 par Philippe V. Cette activité militaire est très onéreuse et a concouru à appauvrir Bernard VI : en 1313 il est ainsi obligé d'emprunter 2500 florins d'or pour les obsèques de son épouse.
Après la mort du vicomte de Béarn, son grand-père, il soutient une longue guerre contre le comte de Foix à la suite de la controverse sur le testament de son aïeul, un testament qui est en faveur du comte de Foix et dont Bernard soutient la fausseté. Un arrêt de 1293 ordonna un duel entre les deux prétendants, mais fut empêché par le roi. Ce conflit dégénère en une guerre larvée entre les maisons d’Armagnac et de Foix, qui se déroule durant la quasi-totalité du XIVe siècle.
Les enfants de Bernard VI, tous nés du deuxième mariage, sont :
Jean Ier (peu avant † ), comte d'Armagnac, de Fezensac et de Rodez ;
Mathe (sans doute entre juin et - /1374), mariée par contrat du à Bernard Ezi V d'Albret, sire d’Albret.
Son fils naturel, Jean, bâtard d'Armagnac, dit la Guerre, participe aux guerres en Gascogne. Il est capturé par les gens du roi, puis libéré après avoir promis d'être fidèle et loyal au roi. Il quitte les armes, embrasse l'état ecclésiastique, est patriarche d'Alexandrie, puis a l'administration de l'évêché de Rodez, en 1376.
