Né d’un père catalan, le peintre Baltasar Samper(is), et d’une mère islandaise, Baltasar Kormákur est diplômé de la Leiklistarskóli Íslands (École d'art dramatique d'Islande) en 1990. Par la suite, il rejoint la compagnie du Théâtre national d'Islande, où il travaille pendant sept ans[1].
Comme metteur en scène, il a monté plus d’une douzaine de pièces du répertoire classique (Hamlet) ou des comédies musicales (Hair, The Rocky Horror Show), tant dans son propre théâtre qu'au Théâtre national d'Islande.
Baltasar Kormákur tourne ensuite Hafið (« La Mer ») en 2002 et remporte la même année l'Edda Award du meilleur film, du meilleur réalisateur et du meilleur scénario.
Il réalise État de choc en 2010, et Contrebande, avec Mark Wahlberg et Kate Beckinsale, en 2012. Cette année, il réalise Survivre. Le film remporte 11 prix Edda, notamment dans les catégories de meilleur film de l'année, meilleur réalisateur et meilleur acteur dans un rôle principal[1].
En 1999, il crée la maison de production Blueeyes. La société est désormais intégrée aux studios RVK, avec Baltasar Kormákur à la direction et à la présidence du conseil d'administration[1].