Le récif barrière de l'atoll dispose d'une longueur totale de 75 km. Il n'est pas entièrement fermé, avec plusieurs petites passes et une ouverture au nord-ouest. Il s'agit du plus important des récifs d'Entrecasteaux, avec celui de l'atoll voisin de la Surprise.
Contrairement aux trois motu de l'atoll voisin de la Surprise, le guano accumulé dans le sable de l'île Huon n'a jamais été exploité, expliquant que cet îlot est aujourd'hui le point culminant des récifs d'Entrecasteaux, avec 7 m d'altitude maximale. Seule une petite strate herbacée s'est développée au-dessus du sable.
L'île Huon est un sanctuaire de ponte pour les tortues vertes entre décembre et mars. De nombreux oiseaux marins y nichent de manière pérenne, dont surtout trois espèces de fous : le fou masqué (Sula dactylatra), le fou brun (Sula leucogaster) et le fou à pieds rouges (Sula sula). C'est un site de nidification pour deux espèces de sternes : la sterne huppée (Thalasseus bergii) ou la sterne fuligineuse (Onychoprion fuscatus).
Toponymie
Le nom de l'île, comme de l'atoll, est donné par son découvreur, l'amiral Antoine Bruny d'Entrecasteaux, le . Il est inspiré du patronyme du second de ce dernier et commandant de L'Espérance, le capitaine de vaisseau Jean-Michel Huon de Kermadec.
Dimitri Ignatieff, « Présence dans le Pacifique des navires de la France Libre : Le Chevreuil », Revue Maritime, no 484, , p. 96-99 (lire en ligne, consulté le ).