Pretorius évolue d'abord en Currie Cup sous les couleurs des Golden Lions de Johannesburg, puis dans le Super 12 (devenu le Super 14) sous les couleurs des Cats, devenus les Lions en 2007, également à Johannesburg.
Il remporte la Coupe du monde de rugby 2007 avec l'équipe d'Afrique du Sud. Lors de ce tournoi, il a joué à 5 reprises, dont 1 fois comme titulaire (contre le Tonga). Prétendant au poste de demi d'ouverture titulaire chez les Springboks, Pretorius a connu avant la Coupe du monde, une longue blessure au genou. Jake White, le sélectionneur, a alors préféré confier le poste à Butch James.
Joueur vif et résolument offensif, Pretorius dispose d'un excellent jeu au pied. Il est souvent buteur et excelle particulièrement sur les drops (il en a marqué 8 avec les Springboks). En revanche, il est parfois critiqué pour les limites de son jeu défensif (principalement dû à son gabarit plus que modeste au vu des standards actuels) et pour ses nombreuses blessures (genou, cheville).
En 2010, il rejoint la franchise australienne de la Western Force afin de remplacer Matt Giteau, parti aux Brumbies[2],[3]. Il n'y joue cependant aucun match à cause d'une déchirure de l'ischio-jambier gauche avant la reprise de la saison 2010 de Super 14[4].
En 2011, il retourne à Johannesburg et dispute le Super 15 avec les Lions, puis s'engage avec le RC Toulon pour la saison 2011-12