Formé en Asturies, Andrés Junquera débuta avec Unión Popular de Langreo en deuxième division terminant 12e et 13e lors des saisons 1964-1965 et 1965-1966. Il signa ensuite pour le Real Madrid, où il joua de 1966 à 1975, remportant 5 liga, trois coupes du Généralissime, ainsi que le trophée Zamora en 1968, en encaissant 19 buts en 22 matchs. Il finit sa carrière au Real Saragosse, mais en deux saisons, il ne remporta rien et de plus, le Real Saragosse redescend en deuxième division lorsqu'il arrêta sa carrière.