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Chef de la police de Montevideo en 1933 et beau-frère de Gabriel Terra, il participa au coup d'État qui instaura la dictature de Terra, et fut nommé général en 1935, ainsi que ministre de la Défense. Parallèlement, Baldomir était architecte. En 1938, il fut élu président, succédant à Terra. En butte à des problèmes de pénurie, il établit en 1941 le contrôle des prix du blé et des articles de première nécessité, décrétant des mesures d'exception (medidas prontas de seguridad(es)) pour obliger les producteurs de pain à ouvrir. Cette mesure d'urgence fut soutenue par les secteurs colorado au pouvoir, l'Union civique, le Parti radical indépendant et le Parti socialiste, et opposé par l'herrerismeblanco, les colorados indépendants et le Parti communiste.
Dissolvant le Parlement lors du golpe bueno (« bon coup d'État »), il le remplaça en par un Conseil d'État composé de politiques proches de l'ex-président José Batlle y Ordóñez et d'autres colorados. Outre le batllisme, le Parti communiste soutint l'initiative de Baldomir, tandis que le Parti socialiste l'accusait d'avoir participé au coup d'État de 1933 et de poursuivre un programme autoritaire. Baldomir rétablit toutefois progressivement les droits individuels en promulguant une nouvelle Constitution(es) (1942).
Sous son gouvernement, l'Uruguay devint de plus en plus hostile aux forces de l'Axe, en partie sous la pression des Alliés. Ainsi, après avoir autorisé le cuirassé allemand Admiral Graf Spee à rentrer pour réparations dans le port de Montevideo, il l'expulsa sous l'insistance de Washington.
De 1943 à 1946, il présida la Banque nationale(es). Il se présenta sans succès à l’élection présidentielle de 1946.