Fokker commence à étudier la théorie de la musique pendant la Seconde Guerre mondiale, alors que l'université de Leyde est fermée. Cette recherche provient en partie du désir de démontrer qu'il ne serait aucunement utile aux nazis et en partie en réponse à la lecture des travaux de Christiaan Huygens sur les 31 intervalles égaux. L'année 1942 marque donc un point tournant dans sa vie. Par la suite, il écrit plusieurs morceaux de musique qui respectent ce tempérament, lesquels sont notables pour utiliser la 7e harmonique en tant qu'intervalle consonnant (les 31 intervalles égaux sont une meilleure approximation de la 7e harmonique que la très populaire échelle à 12 intervalles chromatiques). Il a aussi fait des contributions notables à la théorie de la musique, telle les blocs périodiques de Fokker.
Fokker conçoit et construit quelques claviers musicaux capable de jouer de la musique microtonalevia un clavier général. Le mieux connu de ceux-ci est son clavier à 31 intervalles égaux bien tempéré, qui est installé au musée Teyler depuis 1951 et après 2010, l'instrument est installé au Muziekgebouw aan 't IJ. Il est familièrement appelé « orgue de Fokker ».