Après la Réunification allemande, l'aéroport a gagné de l'importance et son activité s'est accrue. En 1997, le terminal est reconstruit et agrandi.
Ryanair commence ses opérations depuis l'aéroport en 2000 avec une ligne reliant London-Stansted. Wizz Air débute en 2006 avec des vols pour Gdańsk et plus tard l'Europe de l'Est.
Infratil, une société d'investissement dans les infrastructures de Nouvelle-Zélande achète 90 % des parts de l'aéroport de jusqu'à fin , avant de les revendre à la Ville de Lübeck[2]. Le principal opérateur de l'aéroport, Flughafen Lübeck GmbH, a alors recherché un nouvel investisseur privé qu'elle trouve en 2013[3].
En 2010, la crise économique et l'éruption du volcan Eyjafjallajökull a conduit à une baisse du nombre de passagers et de destinations.
Un nouveau système ILS CAT II est installé en , facilitant l'activité de l'aéroport lors de mauvaises conditions climatiques[4]. En , quatre plaintes sont déposées contre le projet d'extension de l'aéroport[3].
Faillite
Le , l'aéroport de Lübeck dépose le bilan[5]. Quelques jours plus tard, le propriétaire et investisseur de l'aéroport annonce son retrait[6]. L'aéroport a continué à fonctionner à l'aide d'un liquidateur[7]. En , l'aéroport est vendu à l'investisseur chinois PuRen Germany GmbH, filiale de PuRen Group[8].
En Ryanair annonce son retrait de l'aéroport dès , due à l'avenir incertain de l'aéroport[9]. Dans le même temps, la compagnie aérienne low-cost annonce de nouvelles lignes depuis l'aéroport de Hambourg[10].
Un train régional circule toutes les heures en Kiel et Lunebourg, faisant un arrêt à la gare de l'aéroport "Lübeck-Flughafen", ainsi qu'à la Gare centrale de Lübeck.
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