L'Águeda a son origine dans la source El Puente de los Llanos, en Navasfrías (Salamanque), entre les collines Las Mesas et Peñas Gordas.
Depuis 1931, son eau est retenue dans le barrage de l'Águeda[1], près des municipalités de Zamarra et Pastores. Ensuite l'Águeda passe par Ciudad Rodrigo, où elle irrigue aussi une mine d'uranium. Elle passe aussi par le site archéologique de Siega Verde.
L'Águeda fait office de frontière naturelle entre l'Espagne et le Portugal pendant une quarantaine de kilomètres, jusqu'à sa confluence avec le Duero/Douro à Barca d'Alva[2].