Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus (ruots.Närings-, trafik- och miljöcentralen i Egentliga Finland) on yksi Suomen 15:stä ja samalla 9:stä kaikkien kolmen vastuualueen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksesta. Sen toimialueeseen kuuluu Varsinais-Suomi sekä liikenne-, infrastruktuuri-, ympäristö- ja luonnonvara-asioiden osalta myös Satakunta. Päätoimipaikkana on Turku sekä lisäksi on toimipaikka Porissa (liikenne-, infrastruktuuri-, ympäristö- ja luonnonvara-asiat). Varsinais-Suomen elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus aloitti toimintansa vuonna 2010.
Varsinais-Suomen ELY-keskus on nimetty erityisesti merialuetta koskevan EU:n yhteisen kalastuspolitiikan valtakunnalliseksi keskukseksi 1.1.2015 alkaen.
Varsinais-Suomen ELY-keskuksen tehtävä on EU:n yhteisen ja kansallisen kalastuspolitiikan toimeenpano uudella laajemmalla alueella (rannikko Suomenlahdelta Pohjois-Pohjanmaalle asti sekä Saaristomeri, Selkämeri ja Merenkurkku).