Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Hugo Lacerda
Perulainen asekauppias. Lacerda johtaa People’s Voice -nimistä sissiliikettä, joka on vastuussa insinööri Bruce Morgenholtin kidnappauksesta. Morgenholtin kuoltua Third Echelon jäljittää Lacerdan ja saa selville, että hän on rahtilaiva Maria Narcissalla. Pelin toisessa tasossa pelaajan tehtävänä on salamurhata Lacerda. Tason aikana pelaaja voi kuulla vartijoiden keskusteluja, joissa Lacerdan miehet kuvaavat pomonsa pelkuriksi. Pelaaja voi löytää Lacerdan laivan kapteenin hytistä, mutta sitä ennen pelaajan täytyy joko kuulustella Maria Narcissan kapteenia tai vaihtoehtoisesti lukea eräältä tietokoneelta luettelo laivan matkustajista. Lacerda on hytissä kahden Displacen palkkasotilaan kanssa, ja paras taktiikka Lacerdan surmaamiseksi on odottaa kunnes hän menee jääkaapille, jolloin hänet voi napata vartijoiden huomaamatta. Pelaaja voi kuulustella Lacerdaa, joka vahvistaa Lamberin epäilyt siitä, että tuntematon taho (joka myöhemmin paljastuu Displace Internatioliksi) olisi maksanut Lacerdalle huomattavan rahasumman Morgenholtin kidnappauksen järjestämisestä. Lacerda myös kertoo, että häntä varoitettiin ottamasta selvää tahon aikeista. Mikäli pelaaja on jo toteuttanut kentän muut ensisijaiset tehtävät, Lacerdan kuoltua Lambert antaa Fisherille luvan poistua laivalta.
Milan Nedićh
Displace Internationalin varapääjohtaja. Chaos Theoryn alussa Nedićhin henkilöllisyys pidetään pelaajalle salaisuutena, mutta pelin edetessä paljastuu, että Nedićh on Bosnian sotaan osallistunut sotarikollinen, ja että hänen oikea nimensä on Milos Novak. Novak tunnettiin lempinimellä ”Bosnialainen parturi”, sillä hän tiettävästi skalpeerasi osan vangeistaan. Fisher tappaa Nedićhin japanilaisessa huvilassa pelin "Hokkaido"-tehtävän aikana.
Toshiro Otomo
Japanilainenamiraali ja I-SDF:n johtaja. Hän on nähtävästi tietoinen Third Echelonin olemassaolosta, sillä hänet nähdään keskustelemassa Lambertin kanssa pelin viidettä kenttää edeltävässä välivideossa. Vaikka Otomo esiintyykin Yhdysvaltain liittolaisena, pelin lopussa hän paljastuu Douglas Shetlandin yhteistyökumppaniksi ja keisarillista Japania ihailevaksi äärinationalistiksi.
Pelin viimeisessä kentässä, ”Kokobu Soshossa”, Otomo ottaa yhteyden Japanin itsepuolustusvoimainkenraaliin ja vaati häntä käskemään Japanin hallitusta luovuttamaan kaiken toimivaltansa keisarille ja armeijalle. Kenraali kuitenkin kieltäytyy ja lähettää joukkojaan pidättämään Otomon, mutta sotilaat epäonnistuvat ja saavat surmansa. Raivostunut Otomo päättää kostaa laukaisemalla Shetlandilta saamiensa algoritmien avulla pohjoiskorealaisenristeilyohjuksen Japaniin. Fisher kuitenkin tunkeutuu I-SDF:n päämajaan ja tuhoaa Otomon pääserverit. Risteilyohjuksen laukaisu keskeytyy ja Otomo yrittää suorittaa seppukun, mutta Fisher pelastaa hänet. Otomo joutuu kansainvälisen rikostuomioistuimen eteen ja hän ottaa täyden vastuun teoistaan.
Juonipaljastukset päättyvät tähän.
Juoni
Tätä juoniosiota on pyydetty korjattavaksi, koska se ei tällaisena sovi tietosanakirjaan. Voit auttaa Wikipediaa parantamalla artikkelia. Lisää tietoa saattaa olla keskustelusivulla. Tarkennus: liikaa juonikuvausta
Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Samoihin aikoihin Sam Fisher tunkeutuu Perussa sijaitsevaan, espanjalaisten siirtomaa-ajan aikaiseen linnoitukseen, jossa separatistinen People’s Voice -sissijärjestö pitää panttivankinaan yhdysvaltalaista insinööri Bruce Morgenholtia. Koska Morgenholt oli mukana Yhdistyneiden kansakuntien Watson-projektissa, jonka tarkoituksena on tutkia Phillip Massen tietokonealgoritmeja, Fisherin tehtävänä on pelastaa insinööri ennen kuin Morgenholt paljastaa sisseille algoritmeja koskevia tietoja. Fisher on kuitenkin epäonnistuu tehtävässään, sillä sissit ovat jo ehtineet kiduttamaan Morgenholtin kuoliaaksi. Morgenholtin kuoltua Third Echelon lähettää Fisherin rahtilaivaMaria Narcissalle, missä Fisher tappaa People’s Voicen johtajan Hugo Lacerdan. Lacerdan kuoleman jälkeen Lambert on vakuuttunut siitä, että toistaiseksi tuntematon taho maksoi Lacerdalle Morgenholtin kidnappauksen järjestämisestä ja haluaa saada arvokkaita tietoja Massen algoritmeista.
Koska Maria Narcissan rahtiruumasta löydetyt laatikot vihjasivat Lacerdalla olevan yhteyksiä Panamassa sijaitsevaan pankkiin, Fisher lähetään sinne hankkimaan tietoja Lacerdan rahoittajista. Fisher murtautuu pankkiholviin ja tunkeutuu siellä holvin tietokoneelle, jolloin Grimsdóttír toteaa, että tietokoneelta poistettujen viestien suojaus viittaisi Phillip Masseen. Koska Masse joutui Fisherin tappamaksi, Grimsdóttír pelkää, että jollakulla on hallussaan huippusalaisina pidettyjä, Massen algoritmeihin liittyviä tietoja. Samoihin aikoihin algoritmeja havitteleva tuntematon taho saa haltuunsa Massen algoritmit ja käyttää niitä aiheuttaen sekä Aasian pörssikurssien romahtamisen että Japanin ja Yhdysvaltain itärannikon pimentävän sähkökatkoksen. Sähkökatkoksen turvin Fisher tunkeutuu Abrahim Zherkezin, Watson-projektiin osallistuneen tiedemiehen, yksityisasuntoon Manhattanilla. Zherkezin yksityisasunnossa Fisher kohtaa palkkasotureihin, jotka hänen suureksi hämmästyksekseen työskentelevät Douglas Shetlandin Displace Internationalille. Näihin aikoihin amiraali Toshiro Otomo, I-SDF:n johtaja, ottaa yhteyttä Lambertiin ja sanoo uskovansa, että algoritmeille tehtyjen hyökkäysten takana ovat kiinalaiset ja pohjoiskorealaiset.
Fisher saada tehtäväkseen tutkia Displace Internationalin toimia ja hänet lähetetään yksityisarmeijan päämajarakennukseen. Displacen päämajassa Fisher saa tietää Milan Nedićh -nimisestä Displacen työntekijästä, josta Third Echelonille ei ole minkäänlaisia tietoja. Kun Fisher paljastaa, että Nedićh on Displacen varapääjohtaja, Lambert epäilee Nedićhin olevan vastuussa algoritmeilla toteutetuista hyökkäyksistä. Fisher lähetetään Displacen vuokraamaan hokkaidolaiseen huvilaan, missä Nedićh ja Displacen suojelema Zherkezi oleskelevat. Hän onnistuu eliminoimaan Nedićhin, mutta Lambert ilmoittaa hänelle, että huvila-alueelle on saapunut Douglas Shetlandia kuljettava helikopteri, ja että Shetland on oletettavasti saapunut keskustelemaan Zherkezin kanssa. Fisher salakuuntelee Shetlandin ja Zherkezin välistä keskustelua, minkä päätteeksi Shetland tappaa Zherkezin ja pakenee huvilasta.
Yhdysvaltain itsenäisyyspäivänä 4. heinäkuuta pohjoiskorealainen risteilyohjus upottaa USS Clarance E. Walshin ja samalla sytyttää Yhdysvaltain ja Pohjois-Korean välisen sodan. Pohjoiskorealaiset kiistävät olevansa vastuussa ohjuksen laukaisusta, joten Fisher lähetetään pohjoiskorealaiseen ohjuspatteristoon tutkimaan, pitävätkö pohjoiskorealaisten väitteet paikkansa. Ohjuspatteristossa Fisher paljastaa, että pohjoiskorealaiset ovat syyttömiä, ja että ohjuslaukaisun takana on algoritmeja käyttänyt Douglas Shetland. Samalla hetkellä ohjuspatteristo laukaisee risteilyohjuksen kohti Nimitz-luokanlentotukialusUSS Ronald Reagania kohti, mutta Fisher onnistuu hankkimaan laukaisun keskeytyskoodit ja käyttää niitä deaktivoidakseen ohjuksen taistelukärjen.
Pohjoiskorealaiset joukot ylittävät Pohjois- ja Etelä-Korean välisen rajan ja hyökkäävät Souliin, joka nopeasti muuttuu korealaisten joukkojen väliseksi taistelutantereeksi. Grimsdóttírin mukaan USS Clarence E. Walshin tuhoon johtanut ”algoritmihyökkäys” johdettiin Soulin telekommunikaatioaseman kautta, joten Fisherin täytyy tunkeutua rakennukseen ja hankkia algoritmeja koskevat tiedot ennen kuin pohjoiskorealaiset pääsevät niihin käsiksi. Kun Fisher on saanut tiedot haltuunsa, hän lähettää ne Soulin yläpuolella lentävään EA-6 Prowler -koneeseen. Kone kuitenkin joutuu pohjoiskorealaisen ilmatorjunnan havaitsemaksi ja pudottamaksi, jolloin Fisherille annetaan käsky paikantaa ja tuhota koneen hylky ennen kuin pohjoiskorealaiset voisivat saada koneen tietokoneelle tallennettuja tietoja algoritmeista.
Third Echelonille ilmenee, että Shetland on järjestänyt Displacen ja tuntemattoman liittolaisensa välille kokouksen tokiolaisessakylpylässä. Tehtävän aikana Shetlandin liittolainen paljastuu I-SDF:ksi ja Fisher salakuuntelee Shetlandin ja I-SDF:n edustajana toimivan Kanedan keskustelun, jossa Shetlandin tarkoituksena on luovuttaa algoritmeja japanilaisille. Kokouksen päätteeksi Kaneda kuitenkin yrittää tappaa Shetlandin, mutta epäonnistuu ja menettää henkensä. Displacen palkkasotureiden ja I-SDF:n iskusotilaiden taistellessa kylpylän käytävillä Shetland pakenee ja asentaa pommeja, joiden tarkoituksena on tuhota koko rakennus. Fisher kuitenkin purkaa pommit ja rakennuksen katolla käy pitkän keskustelun Shetlandin kanssa. Shetland väittää pitävänsä Yhdysvaltoja liian turmeltuneena, jolloin Fisher joutuu tappamaan vanhan ystävänsä.
Shetlandin kuolemasta huolimatta amiraali Otomo, joka paljastuu keisarillista Japania ihailevaksi äärinationalistiksi, saa haltuunsa algoritmeja ja uskoo niiden voivan tehdä Japanista supervallan. Fisher tunkeutuu Japanin puolustusministeriöön, Kokubo Soshoon, ja paljastaa Otomon salaa manipuloineen Japanin hallitusta. Otomo käy videoneuvottelunJapanin itsepuolustusvoimain kenraalin kanssa ja vaatii häntä määräämään hallitusta luovuttamaan kaiken toimivaltansa Japanin keisarille. Kenraali kuitenkin kieltäytyy ja lähettää joukkojaan pidättämään amiraalin, mutta epäonnistuu ja Otomo käyttää algoritmeja laukaistakseen pohjoiskorealaisen risteilyohjuksen yhteen Japanin suurkaupungeista. Fisher kuitenkin tunkeutuu I-SDF:n vedenalaiseen päämajaan ja estää ohjuksen laukaisun, jolloin epätoivoinen Otomo yrittää seppukua. Fisher kuitenkin pelastaa amiraalin hengen ja Otomo joutuu kansainvälisen rikostuomioistuimen eteen sotarikoksista syytettynä. Otomo ottaa täyden vastuun Aasian sodasta ja konflikti Yhdysvaltain ja Pohjois-Korean välillä ratkeaa rauhanomaisesti.
On maininnan arvoista, että myös eräs toinen Tom Clancyn romaaneihin pohjautuva ja Ubisoftin julkaisema videopeli, Tom Clancy’s Ghost Recon 2 (tarkennettuna pelin PlayStation 2 -versio), sijoittuu vuodelle 2007 ja kertoo Yhdysvaltain ja Pohjois-Korean välisestä sodasta. Pelit eivät kuitenkaan sisällä viittauksia toisiinsa.
