Pelaaja voi valita ohjattavakseen yhden neljästä mutanttikilpikonnasta: Leonardon, Michelangelon, Donatellon tai Rafaellon. Pelin päämääränä on selvittää sen viisi tasoa, päihittää Silppuri ja Krang sekä pelastaa April O'Neil. Vastustajina toimivat useimmiten jalkaklaanilaiset ja mouserit. Mikäli pelaaja menettää kaiken energiansa, täytyy hänen valita uusi Turtles-hahmo jäljellä olevista.
Tasot ja loppuvastukset
Kaupungin kadut ja viemäristö (loppuvastus: Rocksteady)