Lynn on tunnettu myös eugeniikan vankkana puolestapuhujana. Kirjassaan Eugenics: A Reassessment (2001) hän ennusti, että Kiina ajaa länsimaiden ohi, koska länsimaiden yksilönoikeuksien korostus ei mahdollista tehokasta eugeniikkaa.[7]
Vuonna 2004 Lynn julkaisi tohtori Paul Irwingin kanssa tutkimuksen, jonka mukaan miesten älykkyysosamäärä on keskimäärin viisi pistettä naisia korkeampi.[8]Nature-lehti arvosteli Lynnin tutkimuksia naisten ja miesten välisistä älykkyyseroista kovin sanoin. Naturen mukaan Lynnin ja Irwingin tutkimuksen metodologia oli kelvoton, sillä he olivat valinneet aineiston tarkoitushakuisesti.[9]