Hänen isällään William Lutley Sclaterilla oli talo maaseudulla. Philip kasvoi täällä Haddington Housessa ja kiinnostui linnuista. Hän kävi koulua Twyfordissa ja meni 13-vuotiaana Winchester Collegeen ja myöhemmin Christ ChurchiinOxfordiin, missä hän opiskeli lintutiedettäHugh Edwin Stricklandin opastuksella.
Hän aloitti lakiopinnot 1851 ja hänet hyväksyttiin Corpus Christi Collegen jäseneksi. 1856 hän matkusti Amerikkaan ja vieraili Suurilla järvillä ja St. Croix’n yläjuoksulla, josta hän meloi Mississippille. Matkastaan hän kirjoitti teoksessaan Illustrated Travels. Philadelphian Tiedeakatemiassa hän tapasi Bairdin, Cassinin ja Leidyn. Palattuaan Englantiin hän harjoitti lakimiehen ammattia useita vuosia ja otti osaa Eläintieteellisen seuran kokouksiin.
1858 hän julkaisi Proceedings of the Linnean Society -sarjassa artikkelin, jossa hän hahmotteli 6 eläinmaantieteellistä aluetta, joille hän antoi nimet Palearktinen, Etiopialainen, Intialainen, Australaasialainen, Nearktinen ja Neotrooppinen. Nämä alueiden nimet ovat edelleen käytössä. Hän myös kehitteli teorian Lemuriasta vuonna 1864, selittämään Madagaskarin ja Intian eläimistön samankaltaisuutta. Tämä teoria on sittemmin haudattu.
1861 hänet valittiin Royal Societyn jäseneksi. Sclater oli hyvin tuottelias kirjoittaja, sillä hän julkaisi yli 1 400 kirjoitusta.
1874 hän ryhtyi veljensä George Sclater-Boothin (myöhemmin lordi Basing) yksityissihteeriksi, jota tointa hän hoiti 2 vuotta. Sitten hänelle tarjottiin pysyvää virkaa valtionhallinnossa, mutta hän kieltäytyi. 1875 hänestä tuli British Association for the Advancement of Sciencen puheenjohtaja. Yhdistykseen hän oli liittynyt jo 1847.
Sclater oli British Ornithologists’ Unionin julkaisun The Ibis perustaja 1858 ja toimittaja 1858–1868 ja 1878–1912. Hän oli Lontoon eläintieteellisen seuran sihteeri 1860–1903. 1901 hän kuvaili okapin länsimaiselle tieteelle, vaikka ei ollut koskaan tavannut sellaista elävänä. Hänen toimistostaan Hanover Square 11:ssä tuli suosittu kokoontumispaikka kaikille lontoolaisille luonnontieteilijöille. Matkailijat ja kaupunkilaiset vaihtoivat uutisia hänen kanssaan ja hän harjoitti kirjeenvaihtoa tuhansien kanssa.
Hänen lintukokoelmansa paisui 9 000 näytteeseen ja 1886 hän siirrätti sen British Museumiin. Samoihin aikoihin museo vastaanotti Gouldin, Salvinin ja Godmanin, Humen ja useiden muiden kokoelmat, paisuen maailman laajimmaksi lintukokoelmaksi.
Sclater nimesi ja kuvaili linnuista muun muassa lila-amatsonin. Hän tutki myös nisäkkäitä, etenkin hirvieläimiä, sarvikuonoja ja kädellisiä.
