Kouba edusti kotimaassaan Bohemians Prahaa, Sparta Prahaa, Viktoria Žižkovia ja Jablonecia sekä Espanjassa Deportivo de La Coruñaa kausina 1996–1997 ja 1998–2001 ja Saksassa Kaiserslauternia syksyn 1997, mutta hän pääsi pelaamaan Espanjan La Ligassa vain kuusi ottelua eikä kertaakaan Saksan Bundesliigassa. Hän voitti Sparta Prahan joukkueessa Tšekkoslovakian mestaruuden vuosina 1991 ja 1993 sekä Tšekin mestaruuden vuosina 1994 ja 1995. Deportivo de La Coruña voitti Espanjan mestaruuden Kouban kuuluessa joukkueeseen vuonna 2000.[1]
