Vuonna 1898 yhdysvaltalainen apteekkari Caleb Bradham kehitti Pepsi-Colan.[5] Vuonna 1903 hän haki patentin reseptille ja siitä tuli rekisteröity tavaramerkki.[6]
Vuonna 1965 Pepsi-Cola Company sulautui Frito-Layn kanssa, jolloin siitä tuli PepsiCo, Inc.[5] PepsiCo perustettiin Manhattaniin, mutta vuonna 1970 yhtiön pääkonttori muutettiin nykyiseen sijaintiin, Purchaseen.[7]
Joulukuussa 2017 PepsiCo siirsi osakkeensa New Yorkin pörssistäNasdaqiin.[8] Toukokuussa 2018 PepsiCo ilmoitti ostavansa välipalavalmistajan Bare Foodsin.[9] Saman vuoden elokuussa PepsiCo ilmoitti ostavansa SodaStreamin 3,2 miljardilla dollarilla.[10]
PepsiCo ilmoitti 3. lokakuuta 2019 poistuvansa Indonesiasta lopettaessaan kumppanuutensa paikallisen jakelijan AIBM:n kanssa. Tämän seurauksena ainakin Pizza Hut- ja KFC -ketjut Indonesiassa siirtyivät käyttämään Coca-Cola-tuotteita.[11] Saman vuoden joulukuussa PepsiCo ilmoitti ostaneensa PopCorners-välipaloja valmistavan BFY Brandsin.[12]
Maaliskuussa 2020 PepsiCo ilmoitti tehneensä sopimuksen Rockstar Energyn ostamisesta 3,85 miljardilla dollarilla.[13]
