Kaikki paha syntyy virhepäätelmistä: aistit eivät petä, vaan vapaa tahto (vrt. Descartes). Filosofiassa (toisin kuin teologiassa) mihinkään auktoriteettiin ei tule luottaa. On erotettava välttämätön ja kontingentti. Empiirisestä tiedosta ei tule tehdä universaaleja johtopäätöksiä: lait ovat todennäköisiä.
(1) Aistimuskokemus sijaitsee sielussa, ei aistinelimissä. Aistitieto on luotettavaa vain järjen kautta: havainnot ovat suhteellisia (Kuu on todellisuudessa tähtiä pienempi, vrt. Aristoteles) ja kertovat substanssien välisistä relaatioista, eivät (transsendentaalisista) substansseista itsestään (vrt. Kant).
(2) Kuvittelukyky liittyy aistimukseen: kuvittelu on tahdonalaista muistetun ja uneksitun mieleen tuottamista itse objektien poissa ollessa. Kuvittelu voi harhautua siinä missä aistiminenkin: voimme erheellisesti pitää kuviteltua todellisena. Voimakkaat mielikuvitukselliset ihmiset (Malebranche mainitsee esimerkkeinä Tertullianuksen ja Montaignen) voivat johdattaa keksimällään muitakin harhaan, harkintakyvyn puuttuessa.
(3) Mieli on rajallinen ja puhdas ymmärrys siksi rajallista: virheet syntyvät siitä, ettei rajallisuutta hyväksytä tai käytetään vääriä metodeja.
Jumala
Malebranche käyttää ontologista argumenttia: Jumalan (äärettömän kaikissa suhteissa täydellisen olennon) olemus on olemassaolo, Jumala on siis välttämättä olemassa. Jumala tahtoi/tahtoo luoda ikuisesti, siksi Jumalan tahto on vapaa (toisin kuin Spinoza esitti) ja silti muuttumaton: luominen on yksi ikuinen akti.
Malebranche kuten monet aikalaisensa moittii etenkin Aristotelesta tarkoittaen lähinnä aristotelikkoja ja skolastikkojen perusteetonta auktoriteettia; oikea metodi on tietenkin kartesiolainen, ja parhaat esimerkit ovat aritmetiikka ja algebra. Kuitenkaan Malebranchen näkemykset Jumalasta eivät poikkea mitenkään skolastikkojen opeista.
'Objektiivisen' ja ikuisen totuuden saavuttaa vain apriorisesti: mieli katselee passiivisena Jumalan siihen illuminoimia totuuksien ideoita, mutta ei itse Jumalan olemusta (kyseessä on vanhan illuminaatio-opin henkiinherättäminen). Me näemme kaiken Jumalassa (vrt. Augustinus). Kaikkien olioiden yleiskäsitteet, universaalit (tai universaalien universaali, so. materiaalisuuden idea), ovat Jumalassa.
Aistivaikutelmat ovat ruumiin vaihtuvien tilojen subjektiivisia heijastumia sielussa (joka on pikemmin l'esprit kuin l'âme): vapaa tahtoakti on vain liikkeen 'luonnollinen syy', tilaisuuden synnyttämä syy, ei 'todellinen
syy'. 'Todellisella syyllä' Malebranche tarkoittaa välttämätöntä tiedostettua kausaaliyhteyttä (vrt. Geulincx, Hume): kaiken ainoa vaikuttava syy on Jumala. Jumala tahtoo ikuisesti ja muuttumattomasti: jokainen olio toimii kuten Jumala sen panee toimimaan.
Tahdonvapaus
Malebranche jakaa substanssit kahteen luokkaan Descartesin tapaan: henkisiin ja materiaalisiin. (Lisäksi on Jumala.) Materiaalisubstanssien liikettä vastaa ajattelevissa substansseissa taipumus johonkin. Sielu tahtoo luonnostaan Jumalaa, mutta perisynnin vuoksi ei aina tiedä sitä ja on taipuvainen suuntautumaan materiaaliseen. Tahto suuntautuu välttämättä äärettömään yleiseen hyvään (eikä siksi koskaan saavuta haluamaansa, vrt. Augustinus, Pascal), mutta sen partikulaariset kohteet ovat valittavissa.
Psykologia
Malebranche käsittää sielun välineenä yhtä lailla kuin varsinaisena substanssina. Sielu tuntee itsensä vain empiirisesti, tietoisuuden kokemuksena. (Jos sielu ei ole koskaan esimerkiksi tuntenut kipua, se ei a priori voi tietää sen olemassaolosta.) Ja nimenomaan koska sielu tietää itsensä, emme tarvitse mieleemme sen apriorista ideaa.
Mieli toimii assosioiden, tunteet ja vietit ovat tarpeellisia elämän säilyttämiseksi (tämä on hedonististaassosiationismia). Itsetuntemus on oleellista: ihminen on aistiva mutta myös järjellinen olento.
Toiset sielut sielu tietää olemassa oleviksi ilmoituksen kautta. Niiden ominaisuudet se tuntee päättelemällä itsestään: ne ovat todennäköisesti samankaltaisia kuin oma sieluni. Tässä kuitenkin virhemahdollisuus on suuri. Vastaavasti sielu päättelee materiaalisten kappaleiden olemassaolon.
Teoksia
De la recherche de la vérité (1674–5)
Éclairissements sur la recherche de la vérité (1678)
Traité de la nature et de la grâce (1680)
Méditations Chrétiennes (1683)
Traité de morale (1684)
Entretiens sur la métaphysique (1688)
Traité de la communication des mouvements (1692)
Traité de l'amour de Dieu (1697)
Entretien d'un philosophe chrétien avec un philosophe chinois (1708)