Kambodžan nykyinen lippu on otettu käyttöön vuodesta 1993, sen jälkeen kun monarkia palautettiin maahan kansanäänestyksellä.
Vuodesta 1850 maalla on ollut lippu, johon on kuvattu Angkor Watin keskusta. Nykyinen sini-punalippu on myös ollut maan tunnuksena vuosina 1948–1970. Maa sai uuden lipun 9. lokakuuta vuonna 1970, kun kenraali Lon Nol esitteli maalle uuden symbolin Khmerin tasavallan aikana.
Demokraattisen Kamputsean lippu oli maan käytössä vuosina 1975–1979, ja lipussa oli kuvattu kolmitorninen keltainen Angkor Wat punaisella taustalla.
Kun Kambodžan kansantasavalta perustettiin vuonna 1979, maalle tuli uusi lippu, joka toimi maan tunnuksena aina vuoteen 1989.
Vuosina 1989–1991 maa tunnettiin nimellä Kambodžan valtio, ja sen lipussa oli sini-punataustat, jonka keskellä oli kultainen Angor Wat.
Kambodžan sisällissodan osapuolet sopivat aselevosta ja YK :n tukemat vaalit vuonna 1993 auttoivat palauttamaan järjestyksen. YK ehdotti maalle väliaikaista lippua, jossa oli vaaleansininen tausta, ja keskellä valkoinen Kambodžan kartta.
.svg)
.svg)
.svg)
