Polkinghornen mukaan tieteelliset ja uskonnolliset näkemykset eivät ole ristiriidassa keskenään vaan täydentävät toisiaan. Polkinghornen mielestä luonnonteologialla on vakaa paikka uskonpuolustuksessa ja teologiassa.[2]
Tiedettä, teologiaa ja todellisuuden luonnetta pohdiskelevien filosofisten julkaisujensa ohella hän on julkaissut omaelämäkerranFrom Physicist to Priest, an Autobiography (2007).