Hincapie aloitti ammattilaisuransa Motorola-tallissa vuonna 1993. Hän ajoi vuodesta 1997 lähtien US Postalin sekä sitä vuonna 2005 seuranneen Discovery Channel Pro Cycling Teamin väreissä, kunnes talli lopetti toimintansa kauden 2007 jälkeen. Vuosina 2008–2009 hänen tallinsa oli Team Columbia ja vuosina 2010–2012 BMC Racing Team.
Hincapie oli ainoa pyöräilijä, joka ajoi Lance Armstrongin joukkuetoverina tämän jokaisessa alun perin voittamassaan Ranskan ympäriajossa 1999–2005. Syyskuussa 2012 Hincapie sai puolen vuoden kilpailukiellon osallisuudestaan Armstrongin ja US Postal -tallin dopingskandaaliin. Hän menetti kaikki kilpailutuloksensa 31. toukokuuta 2004 – 31. heinäkuuta 2006 väliseltä ajalta.[1]