Kun Napoleon vuonna 1803 miehitti Englannille kuuluuneen Hannoverin Saksassa, eikä kuningas Fredrik Vilhelm vieläkään suostunut toimiin Ranskaa vastaan, Haugwitz erosi vastalauseena elokuussa 1804.[1] Kun Ranskan joukot kolmannen liittokunnan sodan aikana syksyllä 1805 loukkasivat puolueettoman Preussin aluetta Ansbachissa, Haugwitz toimitti henkilökohtaisesti Napoleonille Preussin uhkavaatimuksen, jossa uhattiin sodanjulistuksella mikäli Ranska ei hyväksyisi Preussin välitystä sotivien osapuolten kesken. Kun Napoleon kuitenkin löi itävaltalaiset ja venäläiset Austerlitzin taistelussa joulukuun 1805 alussa, Haugwitz joutui allekirjoittamaan 15. joulukuuta Schönbrunnin sopimuksen, jonka mukaan Preussin oli liittouduttava Ranskan kanssa sekä vaihdettava alueitaan Hannoveriin. Sopimus teki Preussin täysin riippuvaiseksi Ranskasta.[2][1]
Napoleon painosti Haugwitzin seuraajaksi tulleen Karl August von Hardenbergin eroamaan Preussin hallituksesta huhtikuussa 1806, jolloin Haugwitz palasi aiempaan tehtäväänsä.[1] Hänen johdollaan Preussi ryhtyi sangen huonosti valmistautuneena elokuussa 1806 uuteen sotaan Napoleonia vastaan, mutta kärsi murskatappion Jenan–Auerstädtin taistelussa lokakuussa. Haugwitz erosi uudelleen hallituksesta marraskuussa 1806, eikä enää palannut. Hän asui vuodesta 1820 Italiassa. Hänen muistelmansa julkaistiin postuumisti vuonna 1837 nimellä Fragment de mémoires inédits du comte de Haugwitz.[1][2]
