COVID-19-näytteenotto

Näytteenotto Yhdysvalloissa.

Nenänielun kautta otetaan koronanäytettä Itä-Timorissa.

COVID-19-näytteenoton ja tutkimuksen tavoitteena on selvittää onko henkilöllä SARS-CoV-2:n aiheuttama COVID-19-hengitystieinfektio. Testeillä voidaan havaita joko virus tai tartunnan puolustamiseksi syntyneet vasta-aineet.

Vasta-aineiden löytämistä, jota kutsutaan serologiaksi, voidaan käyttää sekä kliinisiin tarkoituksiin, että väestön seurantaan. Maaliskuusta 2020 alkaen useimmat maat rajoittivat virusnäytteiden oton haavoittuviin riskiryhmiin, mikä aiheuttaa sen, että viruksen leviämistä koko väestöön on vaikea arvioida.

Testin valinta

COVID-19-testejä on kolmea päätyyppiä, jotka ovat nukleiinihappotestit (NAT), antigeenitestit ja vasta-ainetestit eli serologiset testit. Testin valintaan vaikuttavat testaustarve, tuloksen saamisen nopeus ja testin luotettavuus. Eri testityyppien ja eri valmistajien samantyyppisten testien välillä voi olla huomattavia eroja esimerkiksi luotettavuudessa.^[1]

Nukleiinihappotestit ja ”pikatesteiksi” kutsutut antigeenitestit ovat viruksen havaitsevia diagnostisia testejä, joita käytetään aktiivisen infektion havaitsemiseen. Nukleiinihappomonistustestit (NAAT) perustuvat viruksen geneettisen materiaalin monistamiseen ja antigeenitesteissä näytteestä etsitään viruksen proteiineja. Polymeraasiketjureaktiota (PCR) käyttävät NAAT-testit eli PCR-testit olivat ensimmäisiä kehitettyjä COVID-19-testejä ja lokakuussa 2021 edelleen kaikkein yleisimpiä.^[2]

Vasta-ainetesteillä havaitaan elimistössä virusta vastaan muodostuneet vasta-aineet. Vasta-aineet näkyvät näytteestä yleensä vasta yli viikon kuluttua tartunnasta, joten testiä käytetään pääasiassa virukselle altistumisen ja vastustuskyvyn muodostumisen seurantaan yksilö- ja väestötasolla. Testillä havitaan huonosti etenkin alkuvaiheen tartuntoja.^[1]

Näytteenotto

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) mukaan pelkästään oireiden perusteella ei voi päätellä, onko hengitystietulehduksen aiheuttaja SARS-CoV-2 vai joku muu virus tai bakteeri.^[3]

Maailman terveysjärjestö (WHO) suosittaa keräämään viruksen toteamiseen käytetyn näytteen vähintään ylä- tai alahengitysteiden eritteistä, kuten syljestä tai ysköksistä. Sylkinäyte voidaan kerätä esimerkiksi vanutuppoon pyyhkimällä suun sisäpintaa tupolla.^[4]

Joissakin maissa on perustettu näytteenottoa varten drive-through -asemia, joissa terveydenhuollon ammattilaiset voivat ottaa näytteitä henkilöiltä suoraan heidän autoistaan.^[5]

Näytteen tutkiminen

PCR-testit

Virus todetaan useimmiten reaaliaikaisella käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktiolla (RT-qPCR)^[6] näytteistä, jotka saadaan esimerkiksi nenästä tai yskösnäytteestä.^[7] RT-qPCR on yhdistelmä qPCR- ja RT-PCR-menetelmiä, joista jälkimmäistä oli käytetty virusperäisten hengitystieinfektioiden havaitsemiseen jo vuosia ennen koronaviruspandemian alkua. RT-qPCR:llä voidaan testata suuri määrä näytteitä, testaus on nopeaa ja mahdollista automatisoida, mikä mahdollistaa väestön tehokkaan seulonnan viruksen varalta myös kriisitilanteissa. Lisäksi RT-qPCR:ään perustuvat testit ovat riittävän herkkiä ja valikoivia, jotta SARS-CoV-2 voidaan erottaa muista koronaviruksista.^[8]

Testauksessä käytetään SARS-CoV-2-virukselle spesifisiä alukkeita ja koettimia, jotka kehitettiin viruksen perimän pohjalta. RT-qPCR-määrityksessä voidaan etsiä näytteestä esimerkiksi viruksen RdRp-, ORF1b- tai N-geenejä monistamalla kyseisiä geenialueita.^[8]

Muun muassa viruksen mutaatiot RT-PCR-tunnistukseen käytettyjen alueiden kohdalta, näytteen huono laatu tai liian varhaisessa vaiheessa otettu näyte voivat antaa väärän tuloksen, jonka mukaan virusta oikeasti kantavalla henkilöllä ei ole virusta.^[4] RT-PCR vie yleensä muutaman tunnin, mutta kaikkein uusimmissa RT-PCR-testeissä tuloksen saaminen voi viedä vain muutamia minuutteja.^[9] Antigeenitesteihin ja PCR-pikatesteihin verrattuna PCR-testit ovat hitaampia ja kalliimpia. PCR-testien tarkkuus on kuitenkin yleensä parempi, jolloin muiden testien tuloksia voidaan joutua varmistamaan PCR-testeillä. Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin mukaan PCR-testit havaitsevat 60–80 prosenttia tartunnoista.^[10]

Tautiin sairastuneista A ja AB Rh+ veriryhmät saivat testistä muita todennäköisemmin positiivisen tuloksen, kun taas O-veriryhmä sai vähemmän todennäköisemmin positiivisen tuloksen testistä. Veriryhmä ei kuitenkaan vaikuta itse sairauteen tai sairastamisen vakavuuteen.^[11]

Pikatestit

Pääartikkeli: COVID-19-pikatestit

Virus voidaan myös tunnistaa pikatestein, joissa hengitysteistä kerätyistä näytteistä tunnistetaan viruksen ominaisia proteiineja. Nämä kiinnittyvät antigeeneinä näyteliuskan vasta-aineisiin. Jos sitoutuminen tapahtuu, se tuottaa liuskassa jonkin silmin havaittavissa olevan merkin tyypillisesti alle 30 minuutissa. Testit ovat vähemmän herkkiä kuin RT-PCR:ään pohjautuvat menetelmät, eikä WHO suosittele niiden käyttöä. Pikatestit voivat myös todentaa viruksen henkilöllä, jolla sitä ei oikeasti ole.^[12]

Kehitteillä olevat menetelmät

Verikokeita, joilla voidaan todeta kehon infektion seurauksena muodostamia vasta-aineita on kehitteillä. ^[13] Rintakompressoitu tomografia voi joskus auttaa tunnistamaan ja määrittämään keuhkojen patologian, mutta sen avulla on saatu toistaiseksi vielä epäselviä tuloksia COVID-19-tartunnan yhteydessä.^[14]

Katso myös

• Matkailijan koronatesti

Lähteet

1. Koronatestausta tehdään monin eri tavoin - luotettavia kotitestejä ei ole markkinoilla 4.9.2020. Fimea. Viitattu 27.10.2021.
2. MacMillan, Carrie: Which COVID-19 Test Should You Use? 20.10.2021. Yale Medicine. Viitattu 27.10.2021. (englanniksi)
3. Oireet ja hoito – koronavirus Terveyden ja hyvinvoinnin laitos – THL. 8.7.2020. Arkistoitu 13.6.2020. Viitattu 18.7.2020. (englanniksi)
4. Laboratory testing for coronavirus disease 2019 (COVID-19) in suspected human cases 2020. World Health Organization. Viitattu 13.4.2020.
5. Some states are offering drive-thru coronavirus testing theverge.com. 11.3.2020. Viitattu 13.3.2020. (englanniksi)
6. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Summary cdc.gov. 30 January 2020. Arkistoitu 26 January 2020. Viitattu 30 January 2020.
7. Real-Time RT-PCR Panel for Detection 2019-nCoV cdc.gov. 29 January 2020. Arkistoitu 30 January 2020. Viitattu 1 February 2020.
8. Adams, Grace: A beginner’s guide to RT-PCR, qPCR and RT-qPCR. The Biochemist, 2020, 42. vsk, nro 3, s. 48–53. Lontoo: Portland Press. doi:10.1042/BIO20200034 Artikkelin verkkoversio. Viitattu 25.10.2021. (englanniksi)
9. SK Vashist: In vitro diagnostic assays for COVID-19: recent advances and emerging trends. Diagnostics, 2020, 10. vsk, nro 4, s. 202. doi:10.3390/diagnostics10040202 Artikkelin verkkoversio.
10. Hyytinen, Tuomas; Hämäläinen, Veli-Pekka: Yle selvitti: Isot laboratoriot torjuvat THL:n suosittelemat uudet koronatestit – "Lähestytään lantinheittoa tunnistamisen todennäköisyydessä" Yle. 16.11.2020. Viitattu 25.10.2021.
11. COVID-19 and Blood Type hms.harvard.edu. Viitattu 10.3.2021. (englanniksi)
12. Advice on the use of point-of-care immunodiagnostic tests for COVID-19 who.int. 8.4.2020. Viitattu 13.4.2020.
13. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) cdc.gov. 11 February 2020. Viitattu 20 March 2020. (englanniksi)
14. Information for Laboratories. CDC, Määritä ajankohta! PubMed:32174129 doi:10.2214/AJR.20.23034 ISSN 0361-803X

Aiheesta muualla

• Kuvia tai muita tiedostoja aiheesta COVID-19-näytteenotto Wikimedia Commonsissa

• Toussaint-Strauss Josh ja Pierce, Joseph ja Marriott, Tim ja Ryan Baxter ja Ryan ja Boyd Paul: Coronavirus tests: how they work and what they show The Guardian. 20.4.2020. Guardian News & Media Limited. (englanniksi)