Pelin päähenkilö on 15-vuotias Jason Frudnick, jolla on lemmikkinä Fred-niminen sammakko. Eräänä päivänä sammakko karkaa ja Jason lähtee jahtaamaan sitä. Sammakko sattuu hyppäämään Jasonin talon pihalla olevaan radioaktiiviseen laatikkoon, joka muuttaa sammakon jättimäiseksi mutantiksi. Jättiläinen tekee maahan kolon, jonne se katoaa. Jason päättää seurata sitä ja huomaa siellä erikoisen taistelutankin, jolle on annettu nimi SOPHIA THE 3RD. Jason pukee taisteluhaarniskansa ja valmistautuu matkaamaan tankillaan ihmeelliseen maailmaan, joka on täynnä mitä erikoisimpia mutantteja, "Harmaita muotoja", joita kontrolloi mutaatiota levittävä "Plutonium Boss".
SOPHIA-tankki pelin ensimmäisen tason ulkotilassa.Pelihahmo Jason sisätilassa.
Pelaaminen
Pelissä pelataan enimmäkseen SOPHIA:lla, joka on varustettu voimakkaalla tykillä sekä jousituksella, jonka avulla auto voi myös loikkia esteiden tai reunojen yli. Tankkiosiot pelataan tasohyppelypelien tyyliin. Pelissä pystyy myös poistumaan tankista, jolloin Jason voi loikkia ajoneuvonsa tapaan, uida, kiivetä tikkaita sekä mennä ovista sisälle, jolloin siirrytään yläviistosta kuvattuun peliosuuteen. Sisätiloissa Jason ei voi hyppiä eikä uida mutta voi sen sijaan käyttää aseensa lisäksi kranaatteja.
Sekä ulko- että sisätiloissa on kahdeksan pykälän energiamittari, jota voidaan kasvattaa keräämällä P-palloja. Sisätiloissa näkyy myös toinen mittari, joka näyttää aseen panosten tulivoiman. Tulivoima kasvaa keräämällä palloja, joissa on pyssyn kuva. Ulkotiloissa toinen mittari, "lentomittari", ilmestyy pelaajan voitettua kolmannen pomovihollisen. Se näyttää leijuntakyvyn (hover) tehon ja sitä kasvatetaan keräämällä H-palloja.
Pelissä on kahdeksan eri maailmaa, jossa jokaisessa odottaa pomovastuksena valtava mutantti. Jokaiselta pomovastukselta saa jonkin lisätarvikkeen SOPHIA:an. Metroid-pelien tapaan moniin paikkoihin ei pääse ilman tiettyä lisätarviketta. Niihin lukeutuu mm. leijuntakyky, jonka avulla SOPHIA kykenee lentämään lentomittarin pykälien verran.
Pelissä on myös mahdollista kerätä SOPHIA:an lisäaseita, jotka ovat hakeutuvat ohjukset, salamat ja kolmoisohjukset. Taukotilassa puolestaan voi nähdä lisäaseiden määrän ja vaihtaa tarvittaessa lisäasetta.
Pelissä on aina kolme elämää, jotka kuluvat energiamittarin tyhjentyessä, jolloin joko Jason kuolee (mikäli on tankin ulkopuolella) tai SOPHIA räjähtää. Kun elämät loppuvat, peli päättyy, mutta silloin on mahdollista jatkaa sen hetkisen tason alusta. Peli alkaa automaattisesti alusta, kun elämät loppuvat viidennen kerran.
Tasot
1. Metsävyöhyke (Forest Zone)
Pelin alkutaso, jossa on paljon reheviä luolia ja kosteita paikkoja. Tasosta löytyy reitit toiseen ja neljänteen tasoon. Loppuvastustaja on valtava aivokimppu nimeltään Chlameatle, jonka ympärillä pyörii pienempiä aivoja.
2. Keskiaikavyöhyke (Medieval Zone)
Taso muistuttaa paljon linnaa. Tasosta löytyy niin maasta kuin myös katostakin sojottavia keihäitä ja happoaltaita. Tasosta löytyy reitit kolmanteen ja seitsemänteen tasoon. Loppuvastustaja on rapumainen olento Crabullus, jolla on pitkät saksikädet ja kyky viskoa selästä piikkejä.
3. Linnoitusvyöhyke (Fortress Zone)
Yksi pelin suurimmista tasoista. Ulkoasultaan tehdasmainen alue, joka sisältää paljon robottimaisia vihollisia. Tasosta löytyy reitti kahdeksanteen tasoon. Loppuvastustaja on Photophage-niminen laatikkorobotti, joka kykenee kloonautumaan ja ampumaan säteitä.
4. Viemärivyöhyke (Sewer Zone)
Nimensä mukainen, hyvin sokkeloinen taso. Tasosta löytyy reitti viidenteen tasoon. Loppuvastustaja on Jasonin entinen lemmikkisammakko Fred, joka sylkee kielen ulos ja välillä tulipalloja.
5. Vesivyöhyke (Water Zone)
Vedenalainen taso, jossa keskitytään enemmän Jasonilla uimiseen, kunnes tason vastustaja on tuhottu. Tasosta löytyy reitti kuudenteen tasoon. Loppuvastustaja on äärettömän sitkeä jättiläistaskurapu Hard Shell, joka sylkee suustaan kolmessa eri muodostelmassa kuplia.
6. Jäävyöhyke (Ice Zone)
Hyvin liukas taso. Tasosta ei löydy reittiä muuhun tasoon, joten pelaajan on myöhemmin palattava samaa reittiä. Loppuvastustaja on myös Crabullus kuten toisessa tasossa, mutta väriltään sininen. Sillä on pidemmät saksikädet ja se ampuu piikkien lisäksi jäisiä henkäyksiä.
7. Vulkaaninen vyöhyke (Volcanic Zone)
Magmaperäinen taso, jossa pelaaja joutuu silloin tällöin tankin tykillä tekemään polkuja itselleen. Tasosta ei löydy reittiä muuhun tasoon, joten pelaajan on myöhemmin palattava samaa reittiä. Loppuvastustaja on samanlainen kuin neljännen tason Fred, vain väriltään punainen. Sillä on erilainen taktiikka sylkeä tulista kieltä ja tulipalloja ja se on paljon sitkeämpi.
8. Plutoniumvyöhyke (Plutonium Zone)
Pelin viimeinen ja vaikein taso. Taso on lähestulkoon täynnä piikkejä ja vaarallisia vihollisia. Tasosta ei löydy reittiä muuhun tasoon. Loppuvastustaja "Plutonium Boss" esiintyy kahdessa muodossa. Ensimmäinen muoto on iso hirviö, joka sylkee suusta kimpoavia plutoniumpalloja. Toinen muoto on iso haarniskaan pukeutunut Underworld Lord, joka iskee kuolettavalla ruoskalla.
