Kun hän oli tappanut erään Artemiille pyhitetyn hirven, nosti jumalatar epäsuotuisan sään, joka esti kreikkalaisia purjehtimasta Auliin satamasta kohti Troijaa. Lepyttääkseen jumalattaren vihan Agamemnon uhrasi hänelle tyttärensä Ifigeneian. Sodan aikana Agamemnon riitautui Akhilleuksen kanssa ja oli ylimielisyydellään aiheuttaa koko sotajoukon tuhon. Agamemnonin palatessa kotiin sotasaaliikseen saamansa Kassandran kanssa hänen vaimonsa Klytaimnestra surmasi hänet rakastajansa Aigisthoksen avustamana. Agamemnonin ja Klytaimnestran poika Orestes kosti myöhemmin isänsä kuoleman. Tapahtumista kertoo muun muassa Aiskhyloksen trilogia Oresteia, ja Agamemnonin surmasta sen ensimmäinen tragedia Agamemnon.
Yksi Mykenestä löydetyistä kultaisista kuolinnaamioista on saanut nimen Agamemnonin kuolinnaamio, mutta se on todellisuudessa 300 vuotta Troijan sotaa ja mahdollista historiallista Agamemnonia varhaisempi.[1]
