ویروس آنفلوانزا از اوایل مهرماه ۱۳۹۸ یک ماه زودتر از موعدِ هر سال در ایران شیوع پیدا کرد و تا ۲۰ آذر بیش از ۸۰ کشته بر جای گذاشت. استان‌های قزوین، آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، گلستان، سمنان، اصفهان، کرمانشاه و تهران بیشترین میزان شیوع آنفلوانزا را داشتند.[۱][۲] به گفتهٔ علیرضا رئیسی، معاون وزیر بهداشت ایران همهٔ مبتلایانی که فوت کردند یا در بیمارستان بستری شده‌اند، دارای بیماری‌های زمینه‌ای مانند بیماری مزمن تنفسی و بیماری‌های قلبی بوده‌اند.[۳]
اسماعیل زینعلی، متخصص بیماری‌های عفونی و استاد دانشگاه، در گفتگو با خبرگزاری آناتولی گفت: «این ویروس هر ۱۰ سال یک جهش ژنتیکی دارد. این بیماری بین انسان، طیور و برخی پستانداران مثل خوک و اسب مشترک است. ویروس‌ها با یکدیگر ترکیب می‌شوند و نوع جدیدی را تشکیل می‌دهند. به همین دلیل قدرت تهاجم آن بیشتر می‌شود.» وی همچنین کمبود واکسن و داروی مورد نیاز و احتمال ورود بیماری از عراق را از دلایل دیگر شیوع آن ذکر کرد.[۵] به گزارش خبرگزاری ایرنا مهمترین ویروسی که عامل مرگ بوده ویروس «اچ ۱ ان۱» (H1N1) است که بیش از نیمی از موارد مرگ این بیماری به این ویروس مربوط است و ویروس آنفلوانزا «اچ ۳ ان ۲» (H3N2) نیز با میزان کمتر دومین ویروس شایع و مرگ آور در بین افراد مبتلا بوده‌است.[۶]