در یکصد و سی و پنجمین جلسهٔ شورای عالی انقلاب فرهنگی در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۶۶، به استناد بند چهارِ قانون اهداف و وظایف آن شورا، تأسیس فرهنگستان علوم جمهوری اسلامی ایران به تصویب رسید.
در ابتدا ۱۵ استاد برجسته رشته‌های مختلف کشور به عنوان اعضای پیوسته اولیه فرهنگستان علوم برگزیده شدند.
این فرهنگستان فعالیت خود را در سال ۱۳۶۹ رسماً آغاز کرد.
رؤسای فرهنگستان پس از انقلاب
علی شریعتمداری اولین رئیس فرهنگستان علوم بود که از سال ۱۳۶۹ تا ۱۳۷۷ این مسئولیت را به عهده داشت.
رضا داوری اردکانی با انتخاب اعضاء به عنوان رئیس فرهنگستان از سال ۱۳۷۷ تا مرداد ماه ۱۴۰۲، ریاست فرهنگستان علوم بر عهده داشت.
محمدرضا مخبر دزفولی در ۱۰ مرداد ۱۴۰۲ با تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی به ریاست فرهنگستان علوم رسید.
در شمارهٔ پنجاه‌ویکِ خبرنامهٔ فرهنگستان علوم، داوری، طی یک یادداشتِ انتقادی، نوشت که دیگر تمایلی به ادامهٔ ریاست فرهنگستان علوم ندارد، اما سید مصطفی محقق داماد، به نمایندگی از دیگر اعضای مجمع عمومی فرهنگستان علوم، از داوری درخواست کرد تا در سِمَت خود باقی بماند.[۳]
در دو مراسم بزرگداشت برای رضا داوری اردکانی، سید مصطفی محقق داماد و محمدرضا عارف، حفظ استقلال علمی فرهنگستان علوم را از جمله نکات برجسته مدیریت علمی داوری اردکانی برشمردند.
فرهنگستان علوم همچنین دارای اعضای افتخاری، اعضای وابسته و همکاران مدعو است. عضویت اعضای افتخاری همانند اعضای پیوسته مادام العمر است. اعضای وابسته برای یک دوره چهار ساله انتخاب می‌شوند و انتخاب مجدد آنان بلامانع است. همکاران مدعو نیز برای مدت دو سال انتخاب می‌شوند و انتخاب مجددشان بلامانع است.
