باشگاه فوتبال استقلال تهران در فصل ۸۹–۱۳۸۸ شصت و چهارمین سال فعالیت باشگاه فوتبال استقلال تهران در مسابقات فوتبال ایران و نهمین حضور متوالی این تیم در لیگ برتر فوتبال ایران بود.
در این صفحه اطلاعاتی از تیم فوتبال استقلال در فصل ۸۹-۱۳۸۸ فوتبال ایران قرار دارد. باشگاه استقلال در این فصل در چهار جام؛ لیگ برتر نهم، جام حذفی ۸۸-۸۹، لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۱۰ و سوپر جام باشگاهی ایران ۱۳۸۸ شرکت کرد. همچنین تیم استقلال در این فصل مدافع عنوان قهرمانی در لیگ برتر نیز بود.
امیر قلعهنویی استقلال را قهرمان کرد و از تیم جدا شد. اتفاقی که برای دومین بار در کمتر از چهار سال برای استقلال رخ میداد. عدم سازش بین سرمربی و مدیرعامل وقت استقلال باعث شد که قلعهنویی از استقلال به سپاهان اصفهان برود[۱۶] باز هم صمد مرفاوی سرمربی وقت استقلال شود.[۱۷] استقلال در این فصل اکثر بازیکنان خود را حفظ کرده و غلامرضا عنایتی را نیز به خط حمله خود اضافه کرد. استقلال قبل از شروع فصل یک اردوی تدارکاتی در ترکیه برگزار کرد که این اردو به دلیل شرایط نامساعد آب و هوایی نیمه تمام ماند و کاروان استقلال زودتر از موعد مقرر به تهران بازگشت.[۱۸] استقلال قرار بود در این اردو با تیمهای نفتچی باکو و شارن اسپور ترکیه دیدار کند که هر دو بازی به دلایل شرایط بد جوی لغو شد.[۱۹] همچنین قبل از شروع بازیها استقلال قرار بود در مسابقات چهارجانبهای در همدان حاضر شود که با حاشیههای ایجاد شده از حضور در این مسابقات انصراف داد.[۲۰] استقلال با سرمربیگری مرفاوی و همانند ششمین دوره لیگ برتر شروع خوبی داشت و از ده بازی اول خود موفق به کسب برد در شش بازی شد و اولین شکست فصل را در هفته یازدهم و در ورزشگاه آزادی در برابر استقلال اهواز متحمل شد. استقلال در این بازی که تا دقیقه ۸۶ با نتیجه ۲ بر ۱ پیش بود از این دقیقه به بعد دو گل خورد و بازی را وبه همنام اهوازیش واگذار کرد. بعد از این شکست روزهای بعد استقلال شروع شد و دیگر استقلال چهره یک مدعی را نداشت. بعد از این بازی استقلال در هفت بازی بعدیش در چهار بازی شکست خورد و فقط یک برد کسب کرد. استقلال نیم فصل اول را در مکان چهارم جدول قرار گرفت و با تیم سپاهان که صدرنشین بود هفت امتیاز فاصله داشت. آبیپوشان نیم فصل دوم را با شکست برابر سپاهان شروع کردند و سپس فجرسپاسی را شکست دادند و در دو بازی بعدی مساوی کردند. استقلال در این نیم فصل در دو وهله موفق به کسب برد در سه بازی متوالی نیز شد ولی هرگز موفق به جبران فاصله امتیازی ایجاد شده با دو تیم اول جدول نشد و با کسب ۵۹ امتیاز در رده سوم نهمین دوره لیگ برتر را به پایان رساند.
جام حذفی
استقلال در این فصل در جام حذفی فقط دو بازی انجام داد. بازی اول در برابر تیم ذرتکاران پارسآباد برگزار شد که با برتری ۱۳ گله استقلال همراه شد. در مرحله یک هشتم نهایی تیم استقلال به مصاف تیم استیلآذین رفت. استقلال در این بازی ابتدا با گل فرهاد مجیدی پیش افتاد. سپس سه گل از این تیم دریافت کرد و بازی ۳ بر ۱ به سود استیل آذین شد در ادامه بازی استقلال سه بار دروازه تیم استیل آذین را توسط اکبرپور، عمرانزاده و جانواریو باز کرد تا در یک بازی زیبا ۴ بر ۳ پیش بیفتد و در ادامه استقلال گل چهارم را از نقطه پنالتی خورد تا بازی به وقت اضافی بکشد. در وقتهای اضافی این تیم استیل آذین بود که گل پنجم را به ثمر رساند و در پایان با نتیجه ۵ بر ۴ برنده این جدال حساس شد.
لیگ قهرمانان آسیا
استقلال این فصل از لیگ قهرمانان را با یک پیروزی خارج از خانه شروع کرد. استقلال در اولین بازی و در شهر جده موفق به شکست دادن الاهلی شد. استقلال در دو بازی بعدی میزبان دو تیم الجزیره و الغرافه بود که صاحب یک تساوی و یک برد شد. استقلال که الغرافه را در تهران با سه گل شکست داده بود در قطر با این تیم مساوی کرد و تیم الاهلی را مجددا و اینبار در تهران شکست داد تا در پایان هفته پنجم صعودش به مرحله یک هشتم نهایی مسجل شود. آبیپوشان که میتوانستند با شکست دادن الجزیره در بازی ششم مرحله گروهی صدرنشینی و میزبانی خود در بازی مرحله یک هشتم نهایی را قطعی کنند در کمال ناباوری در برابر الجزیره که تا قبل بازی ششم هیچ بردی کسب نکرده بود با نتیجه ۲ بر ۱ شکست خوردند تا با قرار گرفتن در رده دوم جدول در مرحله بعدی به مصاف الشباب عربستان بروند. طبق قانون جاری در سال ۲۰۱۰ در لیگ قهرمانان آسیا در این مرحله فقط یک بازی به میزبانی تیمهای صدرنشین گروهها برگزار میشد. بنابراین باید در عربستان به مصاف تیم الشباب میرفت و بازی برگشتی در کار نبود. استقلال در برابر این تیم عربستانی ابتدا یک گل دریافت کرد و سپس قبل از پایان نیمه اول دو بر یک پیش افتاد. با شروع نیمه دوم استقلال گل دوم را هم خورد تا بازی مساوی شود. استقلال که چندین موقعیت مناسب را برای زدن گل سوم از دست داده بود در دقیقه ۸۸ گل سوم را هم خورد تا بدین ترتیب از دور لیگ قهرمانان کنار برود.
طبق قانون سال ۲۰۱۰ لیگ قهرمانان آسیا در مرحله یک هشتم نهایی تیمها به صورت ضربدری با گروه مقابل بازی میکردند و در این مرحله فقط یک بازی به میزبانی تیمهای صدرنشین گروهها برگزار میشد. و براساس همین قانون دیگر بازی در تهران برگزار نشد.