اوپنهایمر پس از پایان جنگ، رئیس کمیتهٔ مشاوره عمومی کمیسیون تازهتأسیس انرژی اتمی ایالات متحده آمریکا شد. او بهمنظور کنترل بینالمللی انرژی هستهای و در راستای جلوگیری از گسترش سلاحهای هستهای و مسابقه تسلیحات هستهای با اتحاد جماهیر شوروی تلاش بسیاری کرد. در خلال بحث دولتی در سالهای ۱۹۴۹ تا ۱۹۵۰ او با توسعهٔ بمب هیدروژنی مخالفت کرد و دربارهٔ مسائل دفاعی موضع گرفت که خشم برخی جناحها در دولت و ارتش ایالات متحده را برانگیخت. در دوره مککارتیسم، موضعگیریهای او در کنار ارتباطات گذشتهاش با افراد و سازمانهای وابسته به حزب کمونیست به لغو مجوز ورودش به جلسهای بسیار بحثبرانگیز در ۱۹۵۴ انجامید. او که از نفوذ مستقیم سیاسی برکنار ماند، به سخنرانی، نوشتن و فعالیت در فیزیک ادامه داد. ۹ سال بعد، رئیسجمهور جان اف. کندی، جایزهٔ انریکو فرمی را به او بهمنزلهٔ اعاده حیثیت اعطا کرد. در سال ۲۰۲۲ پنجاه و پنج سال پس از مرگش دولت ایالات متحده تصمیم سال ۱۹۵۴ را باطل و وفاداری اوپنهایمر را تصدیق کرد.[۳][۴]
رابرت اوپنهایمر ۱۹۰۴ در خانوادهای یهودی-آلمانی مهاجر در نیویورک-آمریکا زادهشد. پدرش، واردکننده ثروتمند لباس بود که ۱۸۸۸ از آلمان به آمریکا مهاجرت کردهبود. برادر کوچکش، فرانک اوپنهایمر نیز فیزیکدان بود.
لزلی گراوز که از سوی ارتش آمریکا مدیر پروژه منهتن شدهبود از دانشگاههای آمریکا بازدید کرد؛ از جمله با پژوهشهای ارنست لارنس در برکلی که سیکلوترون را ابداع کردهبود آشنا شد. گراوز همچنین در برکلی با اوپنهایمر مصاحبه کرد و چون او را قابل و تیزفهم یافت مدیر علمی پروژه منهتن کرد. ارتش آمریکا و افبیآی از سابقه چپگرایانه اوپنهایمر آگاه بودند. اما با پافشاری گروز، از آنها چشم پوشیدند. اوپنهایمر بین سالهای ۱۹۴۳ تا ۱۹۴۵ پروژه منهتن را رهبری میکرد که هدف آن تولید بمب اتمی در لُسآلاموس در نیومکزیکوی آمریکا بود.
مؤسسه مطالعات پیشرفته
پس از پایان جنگ جهانی دوم، اوپنهایمر به کَلتک بازگشت اما در سال ۱۹۴۷ به پیشنهاد لویس استراوس، مدیر مؤسسه مطالعات پیشرفته شد و تا ۱۹۶۶ در آنجا ماند.
لغو مجوز امنیتی
در سال ۱۹۵۴ در اوج دوران مککارتیسم، لویس استراوس، رئیس هیت مدیره کمسیون انرژی اتمی آمریکا (AEC) که شواهدی بر جاسوسی شوروی از برنامه اتمی آمریکا داشت و بهسبب پیشینه چپگرایانه اوپنهایمر و مخالفتهایش با توسعه اتمی آمریکا بهویژه توسعه بمب هیدروژنی، به او مشکوک بود یک دوره بازجویی یکماهه از اوپنهایمر ترتیب داد و سرانجام، مجوز امنیتی او را لغو کرد.
از جمله اتهامات اوپنهایمر، کوتاهی او در لو دادن یکی از دوستان کمونیستش، Haakon Chevalier بود که به او پیشنهاد انتقال اطلاعات به شوروی داده بود. لغو مجوز امنیتی اوپنهایمر، بهمعنای پایان همکاری او با دولت آمریکا در پروژههای سری بود.[۵] البته اوپنهایمر همچنان مدیر مؤسسه مطالعات پیشرفته ماند و به کارش ادامه داد.
نویسنده آلمانی، هاینار کیپهارت، بر اساس بازجوییها از اوپنهایمر، نمایشنامه قضیه رابرت اوپنهایمر (In der Sache J. Robert Oppenheimer) را در سال ۱۹۶۴ منتشر کرد.