سید علی خامنهای، در اولین انتخابات مجلس خبرگان رهبری در سال ۱۳۶۱ توانست با کسب ۲٬۸۰۰٬۳۵۳ رای از مجموع ۳٬۱۸۹٬۵۳۰ رای حوزه استان تهران مطابق ۸۸ درصد آرا به عنوان نفر اول تهران به مجلس خبرگان رهبری راه یابد. علی اکبر هاشمی رفسنجانی و سید عبدالکریم موسوی اردبیلی نیز نفرات دوم و سوم استان تهران بودند.[۳]
در این انتخابات ۴۶ نفر ثبت نام کردند اما ۴۲ نفر یعنی ۹۱ درصد نامزدهای ثبت نامی توسط شورای نگهبان رد صلاحیت شدند.[۴] نامزدهای نهایی این انتخابات سید علی خامنهای، سید علیاکبر پرورش، حسن غفوریفرد و سید رضا زوارهای بودند. مجموع آرای مردمی ۱۶ میلیون و ۸۴۷ هزار و ۷۱۷ رای و میزان مشارکت در این دوره ۷۴٫۲ درصد بود.
در این انتخابات تنها سید علی خامنهای به همراه سید محمود مصطفوی کاشانی و حبیبالله عسگر اولادی توسط شورای نگهبان تأیید شدند. رد صلاحیت مهندس بازرگان نخست وزیر دولت موقت منجر به آن شد که برخی مراجع از جمله سید محمدکاظم شریعتمداری، سید شهابالدین مرعشی نجفی و محمدصادق روحانی انتخابات را تحریم کردند[۵] مجموع آرای مردمی در این دوره نسبت به قبل کاهش یافت و به ۱۴ میلیون و ۲۳۸ هزار و ۵۸۷ رای با میزان مشارکت ۵۴/۷۸ درصد رسید.