با حمله اعراب به ارمنستان این سرزمین ضمیمهٔ امپراتوری اسلامی گردید. این دوره دویست سال به درازا انجامید و طی آن خاندان‌های کوچک ارمنی رو به ضعف گراییدند.
حکومت‌های ارمنی
دودمان باگراتونی
با ضعف خلافت، آشوت یکم از دودمان باگراتونی فرصت را غنیمت شمرد و در ۸۸۵ میلادی خود را پادشاه ارمنستان خواند و توانست هم از سوی خلیفه و هم امپراتور بیزانس برای پادشاهی‌اش تایید بگیرد. آشوت سوم پایتخت را از قارص به آنی منتقل نمود. آنی به زودی به مهمترین مرکز اقتصادی و فرهنگی منطقه بدل گردید. در ۱۰۴۵ میلادی بیزانس بر قلمرو باگراتونی مسلط شد و پادشاهی ایشان را برانداخت. ولی در ۱۰۶۴ سلجوقیان رومیان را از منطقه بیرون راندند و خود کنترل این سرزمین‌ها را به دست گرفتند.
در کیلیکیه
دودمان روبنی شاخه‌ای از خاندان باگراتونی بودند که با مرکزیت شهر سیس پادشاهی ارمنی کیلیکیه را بنیاد گذاردند. این پادشاهی در زمان جنگ‌های صلیبی متحد صلیبیون بود و دژ استواری برای مسیحیت در شرق شمرده می‌شد و مرکزی برای فرهنگ ارمنی. با برآمدن مغول‌ها، هتوم یکم پادشاه این سرزمین داوطلبانه تابعیت مغولان را پذیرفت و دیگران را هم تشویق کرد تا چنین کنند. پادشاهی کیلیکیه تا سدهٔ چهاردهم میلادی خراج‌گزار مغولان بود تا در این زمان به دست مملوکانمصر از میان رفت.
