Hegoafrikako Transkei lurraldean jaioa, xhosa etnikoa izan zen. Epitanette eta Govan Mbeki (1910-2001) izan zituen guraso, biak ere irakasleak. Gurasoak Afrikako Kongresu Nazionaleko (ANC) aktibistak izan ziren, aita Hegoafrikako Alderdi Komunistako jarraitzaile sutsua zelarik.
Mbekik Ekonomian Masterra dauka Sussexko Unibertsitatetik. Apartheid garaian kartzelatua izan ondoren Erresuma Batuan erbestean igaro zituen urte asko, Nelson Mandela kaleratu ondoren itzuli zelarik.