San Juan ibaia ur-ibilgu iraunkorra da, Andeetako mendien urtzearen emaitza. San Juan probintziako ibairik garrantzitsuena da, eta bertako iparraldean eta Argentinako mendebaldeko erdialdean dago.
San Juanek San Joan Handia hornitzen du, milioi erdi biztanle inguru dituen Argentinako hamargarren hirigune garrantzitsuena. Gainera, Tulum, Ullum eta Zonda haranetan dauden nekazaritzako oasiak ura biltzeko eta kanalizatzeko obren bidez ureztatzeko ardura du.
Argentinako itsasoan isurtzen duten Cuyo eskualdeko eta Desaguadero ibaia/Colorado ibaiaren arroko ibairik garrantzitsuena ere bada.