Burgosen jaio arren, beti asturiarra sentitu da, zeren eta hiru urte zeukanetik bertan bizi izan zen, zehazki, Oviedon. Bertan hasi zen futbolean jokatzen.
2006. urtean egin zuen debuta Juan Matak, Real Madrid Castilla futbol taldearekin. Nahiz eta talde horretan profesionalki jokatzen hasi, urtebete iraun zuen bertan. Horren ondoren, Valentziara abiatu zen bertako taldearekin (Valencia CF) jokatzeko. Hasieran, talde honetan ezinbestekoa izan ez arren, bere lekua bilatzen hasi zen. Quique Sánchez Flores entrenatzailea kendu eta gero, Matak bere aukera argiena aurkitu zuen Ronald Koemanekin. Entrenatzaile berriarekin, jokalaria minutu gehiago jokatzen hasi zen eta aldi berean, konfiantza handiagoa lortzen. Valencian eman zituen denboraldietan, beste bi jokalariekin talde hilgarria sortu zuten. Jokalari hauek David Villa eta David Silva ziren, eta "ché sardea" izena hartu zuten.
Valentziako futbol taldearekin lau denboraldi egin zituen eta txapelketa bat lortu zuen: Errege Kopa. Bere bilakaera ikusgarriaren ondorioz, hainbat taldek fitxatu nahi izan zuten. Azkenean, 2011ko udan, Mata Londresera ailegatu zen Chelsea futbol taldean jokatzeko.
Guztira, 330 partidu jokatu ditu: 237 Espainiako eta Ingalaterrako ligen artean; 35 kopako txapelketetan; eta 58 Europako txapelketetan. Horrez gain, Juan Mata Espainiako selekzioko jokalaria da eta 30 partidu jokatu ditu nazioarteko jokalari bezala, Munduko eta Europako kopak irabaziz.
Matak hainbat banakako sari irabazi ditu bere ibilbidean zehar. Horien artean, 2013an Chelsea futbol taldeko jokalari onena izendatu zuten.