Vicente Pastor de la Llosa Alfosea "El Chepa" izan zen Hérculesaren sortzailea 1914ean. Berak proposatu zuen gainera Hércules izena Herkules pertsonai mitologiko indartsuarengatik. Hasiera hartan haurren talde bat zen eta infantil mailako txapelketetan aritzen zen. 1919an jokatu zuen helduen lehenengo partida Athletic Club del Aluense-ren aurka eta 2-1 irabazi zuen. 1922an Levanteko Futbiol federazioan eman zuen izena.
Garai hartan Alacanteko klub indartsua Lucentum Fútbol Club zen, 1918an Alicante Club de Fútbol bihurtu zena eta beste elkarte batzuk Club Natación Alicante eta Club Deportivo del Circulo de Bellas Artes de Alicante ziren, azken honen filiala ere izan zen urte batzutan Hércules, izan ere garai hartan klub oso apala baitzen. Kamiseta zuri-gorria janzten zuen praka beltzekin.
Lehen mailan
1927an Club Natación Alicantek zigor gogorra izan zuen eta desagertzera zihoanez Hérculesek hartu zuen bere lizentzia eta haren uniforme zuri-urdina ere. Berehala Alacanteko talde indartsuena bihurtu zen eta 1935ean lehen mailara igotzea lortu zuen. Lehen denboraldi hrtan 6. egin zuen, baina Gerra Zibila iritsi zen. Jokalariak bi bandoetan zeuden eta hainbat gerran hil zituzten eta beste hainbat kontzentrazio-esparrutan egon ziren. Horregatik 1941ean Alicante Club de Futbolekin bat egin zuen Hércules de Alicante Club de Fútbol izena hartuaz. Elkarketa horrek ordea ez zuen emaitza onik ekarri eta 1942an bigarren mailara jeitsi zen taldea. Berehala banatu ziren bi taldeak.
40. eta 50. hamarkadatan gora eta behera aritu zen. Hain irregularra zen 1955ean hirugarren maila ere ezagutu zuela, berehala lehen mailara itzultzea lortu bazuen ere.
Urrezko aroa: 70. hamarkada
1973-74ean lehen mailara igo eta talde indartsua osatu zuen 1975ean 5. egin zuen eta 1976an 6., etxean partida bakarra galduz. 1980 arte lehen mailan mantendu zen, inoiz jarraian egondako urte kopuru handiena izan zen. 1977tik aurrera Arsenio Iglesias galizarra izan zuen entrenatzaile.
Bigarren mailako taldea
Maila galtzeak krisi instituzional eta ekonomiko larria ekarri zuen. Berriz ere 2.B mailaraino jeitsi zen eta bertan egin zituen 1989 eta 1993 arteko denboraldiak. 1995ean Kirol Elkarte Anonimoa bihurtu zen eta azkenik 1996an berriz ere lehen mailara itzultzea lortu zuen, baina 22 taldetako liga berezi hartan 21. izan zen.
Ordutik bigarren mailan aritu izan da. Azken urteetan lehen mailara igo nahian ibili da eta 2010ean lortu zuen, oraingoan ere urte bakarrerako. 2013an igoera play-offerako sailkatu zen 5. egin baitzuen bigarren mailako txapelketan. 2014an ordea azken postuan gelditu eta maila galdu du.
