Ajalooõpetuse korraldus Tartu ülikoolis kehtestati Academia Dorpatensise (1632) põhikirjaga. Kesksel kohal oli üldajaloo, s.o maailma universaalajaloo (universalis mundi historia) õpetamine. Selle kõrval käsitleti ka nn partikulaarajalugu (historia particularis). Rootsi kuningriigi aegse Tartu ülikooli esimene (üld)ajaloo professor Friedrich Menius pani aluse Liivimaa ajaloo uurimisele. 1689. aasta Tartu ülikooli põhikiri asetas ajalooõpetuses rõhu Rootsi ajaloole[2].
Tartu ülikooli ajaloo osakonna alguseks võib lugeda 1803. aastat, mil taasavatud Tartu ülikoolis (Der Kaiserliche Universität zu Dorpat 1802) rajati üldise ajaloo, statistika ja geograafia ning Venemaa, eriti Eesti-, Liivi- ja Kura- ning Soomemaa ajaloo, statistika ja geograafia (s.o regionaalajaloo) professuur. Ajalugu ning statistika ja geograafia eraldati omaette professuuriks 1820. aastal. Ajalooprofessuuri ülesandeks jäi peamiselt üldajaloo õpetamine, regionaalajaloo kateeder praktiliselt likvideeriti. Iseseisev Vene ajaloo professuur taastati 1853. aastal. 1880. aastal loodi üldajaloo paralleelprofessuur, mille tulemusena keskaega ja uusaega hakkasid õpetama eraldi professorid. Arheoloogiat õpetas 19. sajandi esimesel poolel klassikalise filoloogia professor, etnograafiat aga geograafia ja statistika professor.
1. detsembril1919 alustas Tartu ülikool tööd eestikeelse Eesti Vabariigi Tartu Ülikoolina. 1919. aastal alustati õppetööd viie teaduskonnaga: õppida sai arstiteadust, filosoofiat, matemaatika- ja loodusteadusi, veterinaariat ja põllumajandust. Peatselt lisandusid usuteaduskond ja õigusteaduskond. 1919. aastal tegevust alustanud filosoofiateaduskonnas õpetati ajalugu kahe põhiainena, üldajaloo ja esimest korda ülikooli õppekavva võetud Eesti- ja Põhjamaade (hiljem Eesti ja naabermaade) ajaloona. Filosoofiateaduskonnas oli 1925. aasta ülikooliseaduse järgi oli üldajaloo alal ettenähtud üks professor ja kaks dotsentuuri ning Eesti ja Põhjamaade ajaloo alal üks professuur ja üks dotsentuur. Lisaks üldajaloo korralistele õppejõududele tegelesid õpetamisega õppeülesande täitjad ja eradotsendid. 1938. aasta ülikooliseadus üldajaloo alal ette kaks professuuri (üks kesk- ja teine uusaja ajaloo alal) ning eesti ja naabermaade ajaloos samuti kaks professuuri (üks vanema ja teine uuema ajaloo alal).
Ajaloo uurimise ja selle tulemuste publitseerimise keskuseks ülikoolis oli Akadeemiline Ajaloo Selts (1920–1940), mis andis välja neli korda aastas ilmunud Ajaloolist Ajakirja (aastatel 1922–1940).
Eesti Vabariigi ajal hakati Tartu ülikoolis peale Eesti ja Põhjamaade ajaloo õpetama ka arheoloogiat, etnograafiat ja kunstiajalugu. 1920. aastal avati arheoloogia alal Eesti ja Põhjamaade arheoloogia professuur ning selle juurde moodustati arheoloogia kabinet, 1921. aastal loodi Arheoloogia Muuseum.
1921. aastal alustas tööd kunstiajaloo õppetool, mille esimeseks korraliseks professoriks sai rootslane Helge Kjellin (1921–1924), kes rajas 1922. aastal ülikooli juurde ka kunstiajaloo kabineti. Aastatel 1933–1940 oli korraline professor rootslane Sten Karling ja 1942–1944 Armin Tuulse.
Etnograafia alal moodustati algselt dotsentuur, 1924–1928 oli dotsentuuri juhi ametikohal Eesti Rahva Muuseumi direktor soomlane Ilmari Manninen. Tema lahkumise järel vakantseks jäänud dotsentuur muudeti 1938. aastal korraliseks professuuriks ja seda täitis 1939–1944 Gustav Ränk.
Tartu Riikliku Ülikooli ajaloo-keeleteaduskond
Eesti NSV Rahvakomissaride Nõukogu määrusega 9. oktoobril 1940 sai ülikooli ametlikuks nimetuseks Tartu Riiklik Ülikool (TRÜ). 1940. aasta põhikirja kohaselt oli ajaloo-keeleteaduskond üks kuuest TRÜ teaduskonnast. 26.12.1940 kinnitas hariduse rahvakomissar TRÜ teaduskondade osakondade ja kateedrite nimekirja, mille kohaselt nähti ajaloo-keeleteaduskonna ajaloo osakonnas ette järgmised kateedrid: üldise ajaloo, NSVL rahvaste ajaloo, Eesti ajaloo, Eesti ja üldise arheoloogia, Eesti ja üldise kunstiajaloo ja pedagoogika kateeder.
Tartu Ülikooli filosoofiateaduskond
Saksa okupatsiooni ajalEesti Omavalitsuse Tartu Ülikooli ajaloo-keeleteaduskond omaette teaduskonnana likvideeriti ja taastati filosoofiateaduskond, mis alustas tööd 15. oktoobril 1942.
Tartu Riikliku Ülikooli ajaloo-keeleteaduskond
1944. aastal Tartu Riikliku Ülikooli ajaloo-keeleteaduskonna tegevus taastati. Teaduskonna koosseisu kuulusid 1944. aastal ajaloo, eesti filoloogia, vene filoloogia ja võõrkeelte osakond. 1966. aastal avati psühholoogia ja 1968. aastast defektoloogia osakond. Lisaks töötas aastatel 1947–1956 loogika ja psühholoogia ja 1954–1965 raamatukogunduse ja bibliograafia osakond.
1944. aastal oli TRÜ ajaloo-osakonnas NSV Liidu ajaloo (aastatel 1940–1941, 1944–1949 NSV Liidu rahvaste ajaloo kateeder), Eesti ja üldise arheoloogia, Eesti ja üldise kunstiajaloo ja üldajaloo kateeder. 1949. aastal ühendati NSV Liidu ajaloo kateedriga Eesti ajaloo ja 1950. aastal arheoloogia kateeder. TRÜ Kunstiajaloo kateeder liideti 1950. aastal Lääne-Euroopa kirjanduse kateedriga, 1955. aastal viidi see tagasi NSV Liidu ajaloo kateedri koosseisu. Kateedri juures tegutses kunstiajaloo kabinet.
Ajaloo osakonnas oli Eesti NSV algaastail viis kateedrit:
Eesti ajaloo kateeder (juhatajad: 1944–1946 prof. Hans Kruus, 1946–1949 dots. Artur Vassar);
Arheoloogia kateeder (juhataja: 1944–1950 prof. Harri Moora);
Kunstiajaloo kateeder (juhataja: 1944–1950 prof. Voldemar Vaga).
Õppetöö ajaloo-keeleteaduskonnas viidi vaba valikuga ainesüsteemilt üle üleliiduliselt unifitseeritud õppekavadega kursusesüsteemile (viis kursust ehk õppeaastat statsionaarses ja kuus kursust kaugõppes). Õppetöö peasuunaks sai ajalooõpetajate koolitamine.
16.04.1973. aastal moodustati TRÜ rektori 29.08.1973 käskkirjaga ajaloo-keeleteaduskonna baasil kaks eraldi teaduskonda: ajalooteaduskond ja filoloogiateaduskond[3]. Tartu Riikliku Ülikooli Ajalooteaduskonda kuulus: 1) ajaloo osakond NSVL ajaloo ja üldajaloo kateedriga, 2) psühholoogia (loogika ja psühholoogia kateeder) ja 3) defektoloogia osakond (eripedagoogika kateeder). Kõigis osakondades oli ka kaugõppevorm.
2007. aastal moodustati ajaloo osakonna baasil ajaloo ja arheoloogia instituut. 1. märtsist 2013. aastal moodustati endiste õppetoolide baasil järgmised ajaloo ja arheoloogia instituudi osakonnad: arheoloogia osakond, arhiivinduse osakond, Eesti ajaloo osakond, kunstiajaloo osakond, uusima aja osakond, üldajaloo osakond.
