Tartu Ülikooli Eesti mereinstituut on Tartu Ülikooli struktuuriüksus.
Mereinstituut tegeleb eeskätt Läänemereökosüsteemide ja funktsioneerimise uurimise ja selgitamisega, selles leiduvate veeorganismide ja -keskkonna seisundi hindamise ja prognoosimisega, samuti keskendutakse mereelustiku ratsionaalse kasutamise tagamisele ja bioloogilise mitmekesisuse kaitsele.
Instituut koosneb viiest osakonnast koos nelja laboriga ja Kalanduse teabekeskusega. Välitöid viiakse regulaarselt läbi kuues välibaasis (Pärnu, Praaga, Matsalu, Kihnu, Käsmu, Kõiguste).